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基于BSA-seq发掘水稻抽穗期性状QTLs及候选基因

文献类型： 中文期刊

作者： 魏荣华;尹明;王文生;崔彦茹

作者机构：

关键词： 水稻;抽穗期;BSA-seq;候选基因

期刊名称：中国农业科技导报

ISSN： 1008-0864

年卷期： 2024 年

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收录情况： 北大核心（2023版） ; ; CSCD（2023-2024年度） ; ; 科技核心（2024版） ; ; 农林核心（2020版）

摘要： 抽穗期作为水稻重要的性状之一，不仅与水稻生育时期密切相关，还与水稻产量、品质和抗逆性密切相关，决定了水稻品种的种植地区和季节适应性，因此，定位水稻抽穗期基因在水稻生产中有着重要的作用。利用HQ20和金23B杂交构建的F4群体为试验材料，根据群体中水稻抽穗期划分3个等级：抽穗期早、抽穗期适中、大青棵（不抽穗），并构建早、中、青3个混池，采用BSA-seq(bulked-segregant analysis sequencing)方法挖掘水稻抽穗期基因。结果表明，BSA-seq结果与参考基因组比对率在94%以上，4×基因组覆盖率在80%以上；基于此，在置信度为0.95时，经SNP-index算法获得位于4条染色体（6、7、8和9号）的17个SNPs与Indels一致的关联区间，进一步分析区域内的候选基因，发现61个基因存在非同义突变。GO与KEGG富集分析表明，与水稻抽穗期密切相关的途径有UDP-糖基转移酶活性、细胞周期G2/M期转变的正向调控和植物激素信号转导等。结合3K水稻数据库中的单倍型分析与已公布的表达量数据，挖掘出3个抽穗期关键候选基因：LOC＿Os07g22720、LOC＿Os07g23740、LOC＿Os08g07200。以上结果为开展水稻抽穗期性状遗传改良以及遗传基础解析奠定了基础。

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