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盐胁迫下大麻SSR标记的分布特征分析

文献类型： 中文期刊

作者： 陶杰;;;;张江江;;;;常丽;;;;张翠萍;;;;李建军;;;;张超;;;;李德芳;;;;赵立宁

作者机构：

关键词： 大麻;转录组;SSR标记;分布特征

期刊名称：中国麻业科学

ISSN： 1671-3532

年卷期： 2022 年

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收录情况： 不在遴选数据库范围

摘要： 为探究盐胁迫对大麻遗传育种改良的影响，试验对盐胁迫条件下大麻转录组测序数据进行了SSR位点标记的挖掘，并对大麻转录组数据中SSR位点标记、SSR位点信息和序列分布特征等进行了分析。结果表明：共检测出84 483条Unigene序列，序列总长87.31 Mb。筛选出27 861个SSR位点，SSR标记的检出率为33.10%,即平均3.13 kb就会出现一个SSR位点，其中以单、二和三碱基重复为主，检出率分别为52.73%、23.26%和22.16%;重复基元主要为A/T、AG/CT、AT/AT和AAG/CTT,分别占52.57%、11.32%、10.25%和6.69%。通过Primer 3.0在线软件获得17 894条SSR引物序列，引物中SSR位点重复长度绝大多数集中在10～21 bp,占SSR重复总数的79.72%,其中最长重复长度为226 bp。该研究构建的盐胁迫下大麻SSR位点信息与分布特征分析，可为研究大麻分子标记辅助育种、EST-SSR标记的开发等提供信息资源。

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