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不同单细胞全基因组扩增体系扩增牛微量血液DNA效果评价

文献类型： 中文期刊

作者： 牛一凡;李崇阳;杨柏高;张培培;张航;冯肖艺;曹建华;余洲;马友记;赵学明

作者机构：

关键词： 全基因组选择;MDA;MALBAC;微量DNA扩增体系

期刊名称：畜牧兽医学报

ISSN： 0366-6964

年卷期： 2024 年

页码：

收录情况： 北大核心（2023版） ; ; CSCD（2023-2024年度） ; ; 科技核心（2024版） ; ; 农林核心（2020版）

摘要： 旨在通过二代测序技术评估不同单细胞全基因组扩增（single cell whole genome amplification， scWGA）体系对牛微量血液基因组DNA的扩增效果，建立微量DNA全基因组扩增体系。本研究分别采用MDA（multiple displacement amplification）和MALBAC（multiple annealing and looping-based amplification cycles）两种scWGA体系对华西牛1 ng血液基因组DNA进行全基因组扩增，随后基于两种体系的扩增产物以及原始未稀释血液DNA构建测序文库，利用DNBSEQ-T7RS测序平台进行全基因组测序（whole genome sequencing，WGS），通过比较扩增产物片段大小、浓度、总质量评估扩增效率，通过分析GC含量、测序覆盖度、基因分型一致率、基因型检出率等评估两种体系的扩增效果。结果显示，MDA体系的扩增产物片段大于MALBAC体系（8 kb vs 0.2～2 kb），产物浓度和总质量显著高于MALBAC体系（P<0.05）。基于测序数据，1×和5×测序深度下，MDA体系的基因组覆盖度显著高于MALBAC体系（P<0.05），此外MDA体系的分型一致率、检出率显著高于MALBAC体系，而等位基因缺失率、假阳性率显著低于MALBAC体系（P<0.05）。综上，本研究揭示了MDA和MALBAC两种扩增体系基于华西牛1ng血液基因组DNA扩增的体系特点，为改进现有华西牛胚胎基因组选择中的关键扩增技术提供理论依据，促进华西牛遗传育种进展。

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