数字农科院2.0

山东省主要栽培苹果基因组重测序及SNP芯片位点挖掘

文献类型： 中文期刊

作者： 段乃彬;马玉敏;王昆;王效睦;谢坤;白静;杨永义;蒲艳艳;宫永超

作者机构：

关键词： 栽培苹果;基因组;重测序;SNP位点开发

期刊名称：分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2021 年 19 卷 21 期

页码：

收录情况： 北大核心（2020版） ; 农林核心（2020版） ; 科技核心（2020版）

摘要： 为促进苹果品种快速鉴定、种质资源评价及选择利用,本研究对山东省31个栽培苹果开展了重测序及SNP位点挖掘研究。样品DNA提取自叶片,并按照Illumina操作手册制备双端文库。经由Hiseq 4000平台对31个苹果基因组进行重测序,共产生了363 Gb的高质量序列,平均每样品12.5 Gb,这代表了苹果基因组大约15.9倍覆盖度。充分满足重测序分析及SNP位点挖掘的需要。错配率比较试验发现随着错配率逐渐升高,比对率逐渐升高至饱和。其中总比对率、成对数据比对率及单端数据比对率与错配率呈现显著相关(P0.99)。随着错配率提高,比对严谨度降低；基因组覆盖度逐渐升高,杂合位点准确度逐渐提高。采用两种算法所得到的位点,根据‘染色体+位点信息’作为特征值取交集,得到高可靠的单碱基SNP位点数据集:共检测到374 404个变异,平均每隔1 896个位点能够检测到一个变异,桑格验证试验准确度高达98.1%。SNP的功能注释分析结果显示在全部373 763个位点中有143 269个(38.27%)位于基因间区,25 047个(6.7%)位于基因编码区,179 426个(47.92%)位于基因上游-下游的2 kb区域。在所有编码区SNP里,有13 422个是非同义变异位点,11 625个是同义变异位点。两种SNP比率为1.15∶1。进一步利用过滤的4DTV位点,采用邻接算法构建的聚类分析结果符合山东省栽培苹果分类的趋势。

分类号：

  • 相关文献

[1]Chromosome-level genome of a multivoltine biotype Ostrinia furnacalis strain. Liu, Kaiqiang,Zhang, Tiantao,Zhang, Yongjun,Wang, Zhenying,He, Kanglai. 2025

[2]长三角地区兼用型鸭全基因组遗传多样性分析. 章双杰,王靖,杨建生,李慧芳,宋卫涛,许金根,华国浩,叶彩芳,林雨鑫,刘怡. 2017

[3]大白菜InDels标记开发及其在剩余杂合体鉴定中的应用. 张志刚,赵智中,李巧云,王晓,刘栓桃,王淑芬,徐文玲,刘贤娴,刘辰. 2016

[4]动物基因组学重测序的应用研究进展. 汪文强,赵生国,马利青,郭继军,马月辉,赵倩君. 2016

[5]动物基因组学重测序的应用研究进展简. 汪文强,赵生国,马利青,郭继军,马月辉,赵倩君. 2016

[6]基于重测序的染色体片段代换系定位水稻抽穗期QTL. 王军,朱金燕,陶亚军,周勇,范方军,李文奇,王芳权,仲维功,杨杰,梁国华. 2017

[7]玉米DCL1基因鉴定及其自然等位变异分析. 徐东东,赵永平,王建海,周强,谢传晓. 2015

[8]基于黄瓜基因组重测序的InDel标记开发及其应用. 李斯更,沈镝,刘博,邱杨,张晓辉,张忠华,王海平,李锡香. 2013

[9]长江下游地区地方鸭种全基因组序列测定及遗传多样性分析. 章双杰,王靖,杨建生,李慧芳,宋卫涛,许金根,华国浩,叶彩芳,林雨鑫. 2016

[10]基于测序技术的畜禽基因组学研究进展. 梁素芸,周正奎,侯水生. 2017

[11]烤烟烟碱含量的全基因组关联分析. 孙鑫,文柳璎,尹鹏嘉,罗成刚,樊文强,任民. 2017

[12]桑叶葡萄叶绿体基因组及其特征分析. 杨亚蒙,焦健,樊秀彩,张颖,姜建福,李民,刘崇怀. 2019

[13]基于RAD重测序技术开发烟草品种SNP位点. 任民,程立锐,刘旦,蒋彩虹,杨爱国. 2018

[14]黄瓜嫩果皮色基因QTL定位分析. 窦文文,沈镝,麦尔旦·努尔阿伍提,董洪霞,邱杨,李锡香. 2018

[15]桃的花型性状相关SNP位点挖掘与候选基因分析. 孟歌,朱更瑞,方伟超,陈昌文,王新卫,王力荣,曹珂. 2022

[16]西瓜基因组框架图谱绘制与20份代表性资源重测序研究. 郭绍贵,许勇,张建国,孙宏贺,Jerome Salse,William JLucas,张海英,Yi Zheng,毛林勇,任毅,王志文,闵久梦,郭晓森,Florent Murat,Byung-Kook Ham,张召亮,高山,黄明云,徐益民,钟思林,Aureliano Bombarely,Lukas AMueller,赵泓,何洪巨,张岩,张忠华,黄三文,谭涛,庞尔丽,林魁,胡群,匡汉辉,倪培相,王博,刘景安,孔秋生,侯文菊,邹小花,江姣,宫国义,Kathrin Klee,Heiko Schoof,黄莹,胡雪松,董珊珊,梁德全,王娟,吴奎,夏阳,赵翔,郑泽群,邢淼,梁新明,黄邦清,吕添,王军一,尹烨,伊鸿平,李瑞强,吴明珠,Amnon Levil,张兴平,James JGiovannoni,王俊,李云伏,费章君. 2019

[17]烟草航天诱变突变体变异检测及分析. 周世奇,刘东阳,潘旭浩,屈建康,程立锐,任民,晁江涛,张玉,罗成刚. 2019

[18]大豆百粒重相关基因的全基因组发掘分析. 宿洋,杨静,郭勇,杜维俊,邱丽娟. 2021

[19]烤烟品种中川208特异性指纹图谱的构建及分析. 贾振国,王亚男,罗成刚,张玉,耿锐梅,陈志强,杨爱国,刘国祥,任民. 2023

[20]中畜草原白羽肉鸭与樱桃谷鸭的遗传差异分析. 于思梦,郭占宝,胡健,周正奎,侯水生. 2022

作者其他论文 更多>>