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小偃麦异附加系TaXTH基因的克隆与生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

作者： 黄春丽;宋静;李全权;郭庆东;田秋菊;高居荣;王洪刚;封德顺

作者机构：

关键词： 小偃麦异附加系;TaXTH;基因克隆;生物信息学分析

期刊名称：山东农业科学

ISSN： 1001-4942

年卷期： 2015 年 07 期

页码： 1-6

摘要： 本研究运用Gene Fishing技术,从经过PEG-6000模拟干旱处理的小偃麦异附加系种质SN6306的c DNA中获得了一个长度为586 bp的上调表达差异片段7154。通过NCBI数据库相似性比对,预测其为木葡聚糖内转糖苷酶/水解酶基因(XTH)的一段序列。经克隆和RT-PCR获得Ta XTH的全长c DNA和DNA序列,对其核酸和蛋白序列分析的结果表明,Ta XTH全长DNA序列为2 224 bp,含有3个外显子和2个内含子;其开放阅读框(ORF)长度为936 bp,编码311个氨基酸。Blast P分析结果显示,Ta XTH属于GH16蛋白家族。相似性比对分析结果表明,该蛋白与小麦近缘物种二穗短柄草中的同源蛋白一致性达到79%。从多序列联配及系统进化树分析结果中推断Ta XTH属于XTH类,具有典型的DEIDFEFLG保守基序。

分类号： S512.9

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