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榴莲99份种质资源变异位点数据集

文献类型： 中文期刊

作者： 冀晓昊;郑道君;谢圣华;时梦;钟义旺;王莹莹;王孝娣;刘凤之;冯学杰;王海波

作者机构：

关键词： 榴莲;变异位点;SNP;群体进化

期刊名称：农业大数据学报

ISSN： 2096-6369

年卷期： 2025 年 2 期

页码：

收录情况： 科技核心（2024版） ; ; 农林核心（2024版）

摘要： 榴莲具有较高的经济价值和营养价值.我国榴莲高度依赖进口,海南省榴莲产业处于刚刚起步阶段,存在面积少、产量低、品种完全依赖引种而缺乏自主性、配套栽培技术欠缺等诸多问题,导致市场需求大而产业薄弱的矛盾突出,迫切需要进行榴莲种质资源收集、鉴定与评价.该研究对 99 份榴莲种质资源提取 DNA,构建文库并开展了二代全基因组测序,对测序数据开展了质控、变异位点挖掘注释和群体进化等生信分析.测序数据量共计 1.62 Tb,共挖掘到 54 974 697 个变异位点,包括SNP、INS和DEL三种变异类型,以SNP为主,榴莲基因组中平均每13个碱基有 1个变异位点,变异位点主要位于基因间,位于基因外显子和内含子的较少.99 份榴莲资源可以分成 3 个亚群,LD系数降低到最大值的一半的衰减距离只有0.1-0.2 kb,表现出丰富的遗传多样性.99份榴莲种质资源的基因组测序数据和变异位点信息,为榴莲遗传学以及育种方法和育种理论研究提供了基础数据支撑,有助于海南乃至世界榴莲品种选育.

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