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赖草属叶绿体基因组密码子偏好性分析

文献类型： 中文期刊

作者： 刘文丽;王智勇;田春育;杨艳婷;刘倩;冯玉梅;武自念;李志勇

作者机构：

关键词： 赖草属;叶绿体基因组;密码子偏好性;聚类分析;密码子使用模式

期刊名称：中国草地学报

ISSN： 1673-5021

年卷期： 2024 年 46 卷 02 期

页码：

收录情况： 北大核心（2023版） ; ; CSCD（2023-2024年度） ; ; 科技核心（2024版） ; ; 农林核心（2020版）

摘要： 以16种赖草属植物叶绿体基因组的50条基因序列为研究对象，使用密码子碱基组成分析、中性绘图分析、PR2-plot绘图分析、ENC-plot绘图分析、基因参数相关性分析和聚类分析等多种生物信息学方法分析赖草属叶绿体基因组密码子偏好性，结果表明：（1）赖草属叶绿体基因组密码子富含A和U，高频密码子也多以A/U结尾。（2）赖草属有效密码子数值在39.81～61.00之间。（3）16种赖草属植物根据聚类分析可分为两组，Leymus multicaulis、Leymuskarelinii、Leymusracemosus、Leymussecalinus、Leymusramosus、Leymuspaboanus、Leymusduthiei、Leymus chinensis、Leymus arenarius为一组，Leymus coreanus、Leymus komarovii、Leymus triticoides、Leymus cinereus、Leymus condensatus、Leymus mollis、Leymus angustus为一组。综合分析表明，16种赖草属植物密码子偏好性受多种因素影响，选择作用影响较大，密码子的偏好性较弱，种间进化差异不显著，基因间偏差小。

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