数字农科院2.0

猪TIMP-2基因克隆、序列特征和表达分析

文献类型： 中文期刊

作者： 黄宏刚;肖邦;任红艳;唐中林;杨述林;崔文涛;牟玉莲;储明星;李奎

作者机构：

关键词： 猪;TIMP-2;电子克隆;序列特征;表达谱

期刊名称：畜牧兽医学报

ISSN： 0366-6964

年卷期： 2009 年 40 卷 12 期

页码： 1727-1734

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 本研究分析了五指山试验用小型猪TIMP-2基因的分子特性和可能的生物学功能。将人TIM-P2 mR-NA全长序列在猪ESTs数据库中检索获得同源性较高的ESTs,用电子克隆结合RT-PCR方法克隆获得包含完整CDS区的猪TIMP-2基因cDNA序列,应用生物信息学方法分析了其核苷酸序列及其编码蛋白质分子结构特性,应用RT-PCR研究该基因在猪不同组织和发育时期的特异表达情况。结果,猪TIM-P2 cDNA序列全长790 bp,包括663 bp的完整开放阅读框,编码221个氨基酸。多序列比对和系统进化分析表明,该基因编码蛋白质与人(97%)、大鼠(97%)、小鼠(97%)等物种TIMP-2蛋白质具有较高的同源性。蛋白质序列预测分析发现,猪TIMP-2氨基酸序列理论等电点(pI)为7.65,相对分子质量(MW)为24.5 ku,它包括27AA的前导序列和194AA的成熟肽段,其前导序列比其它物种多1个亮氨酸(Leu)。结构功能预测发现其具有1个在种间高度保守的NTR_TIMP结构域和N端VIRAK保守序列,序列中存在的12个半胱氨酸(Cys)可以形成6对二硫键结构。表达谱分析表明TIMP-2基因在猪的多个组织和不同发育时期的表达量存在较大差异,在睾丸、垂体、胃、大肠、卵巢、子宫和90 d胚胎骨骼肌中高表达;而在心脏、小肠、脑、肝脏、成年猪骨骼肌中表达量极低;在肾脏、胸腺、脾、甲状腺3、3 d胚胎中中度表达。结果表明该基因在发生组织发育和重构活动相对活跃的组织器官和时期表达水平较高,亦符合其固有生物学功能。

分类号： S828

  • 相关文献

[1]家蚕胰脂肪酶相关蛋白1基因(BmPLRP1)的克隆及表达分析. 李玉霞,李刚,钱荷英,郝长富,刘明珠,赵国栋,徐安英. 2020

[2]蓖麻蚕AGO1蛋白基因的克隆及序列与表达特征. 何庆玲,张月华,钱荷英,罗旭芳,李刚. 2014

[3]柞蚕肌球蛋白轻链1基因(MLC-1)的序列特征及表达谱与系统进化分析. 李艳,陈默,谌苗苗,彭明辉. 2013

[4]蓖麻蚕乙酰胆碱酯酶基因Pcrace2的克隆及序列与表达分析. 刘娟,张月华,张华光,高丽,钱荷英. 2013

[5]猪原癌基因JunB的电子克隆及比较基因组学分析. 冯爱芹,何晓红,叶绍辉,姚娜,董坤哲,康晔,马月辉. 2012

[6]猪CA5B基因的序列特征和表达分析. 郭晋,范新浩,杨亚岚,梁国明,唐中林. 2021

[7]猪CA5B基因的序列特征和表达分析. 郭晋,范新浩,杨亚岚,梁国明,唐中林. 2021

[8]猪NDUFS2基因的定位、克隆和组织表达谱分析. 唐文花,李勇,王恒,唐中林,朱正茂,杨述林,靳二辉,公维华,李奎. 2007

[9]基于表达谱芯片挖掘抗猪瘟病毒相关基因及其在不同猪瘟抗体水平下的表达差异. 王晓铄,俞英,刘会杰,肖丽,翟立维,敖红,王楚端. 2014

[10]电子克隆获取甜菜富亮氨酸类受体蛋白激酶基因 BvLRR-RPK2;1完整编码区. 王希,陈丽,赵春雷. 2019

[11]白菜型油菜八氢番茄红素脱氢酶基因(PDS3)的克隆与序列分析. 薛蕾,高桂珍,伍晓明,吕晓丹,陈碧云,许鲲. 2009

[12]牛PS ME1基因的电子克隆与序列分析. 曹随忠,李宏滨,姚学萍,赵兴绪,杜立新. 2007

[13]甘蓝型油菜Na~+/H~+逆向转运蛋白基因BnNHX2的电子克隆与序列分析. 胡茂龙,陈新军,浦惠明,戚存扣,张洁夫,陈松,傅寿仲. 2009

[14]奶牛乳房炎抗性相关基因Znf313的电子克隆与序列分析. 曹随忠,李宏滨,姚学萍,赵兴绪,杜立新. 2006

[15]水牛信号转导子和转录激活子1基因电子克隆及序列分析. 邓廷贤,庞春英,陈明棠,王建,杨炳壮,梁贤威. 2014

[16]白菜型油菜八氢番茄红素合成酶基因(PSY)的克隆与序列分析. 薛蕾,高桂珍,伍晓明,闫贵欣,陈碧云,许鲲. 2009

[17]水牛FADS2基因的电子克隆及序列分析. 马小娅,庞春英,梁莎莎,陆杏蓉,朱鹏,段安琴,梁贤威,邓廷贤. 2017

[18]小麦中雄性不育同源序列的分离、鉴定及表达分析. 陈军方,任正隆,孔秀英,吴佳洁,周荣华,贾继增. 2005

[19]生物信息学在发现新基因方面的应用. 冯浩咏,苗向阳,罗绪刚,胡婕. 2007

[20]奶牛乳房炎抗性相关基因Znf313的电子克隆与序列分析. 曹随忠,李宏滨,姚学萍,赵兴绪,杜立新. 2007

作者其他论文 更多>>