文献类型： 中文期刊
作者： 丘立杭;罗含敏;陈荣发;黄杏;陈忠良;范业赓;陈栋;李杨瑞;吴建明
作者机构：
关键词： 甘蔗(Saccharum officinarum L.);RNA-Seq;转录组;Unigene SSR;差异表达基因
期刊名称：基因组学与应用生物学
ISSN： 1674-568X
年卷期： 2018 年 3 期
页码： 1271-1279
摘要： 本研究以甘蔗与斑割复合体杂交F1代中1个株系在主茎和分蘖茎的节间长度存在明显差异的植株为实验材料,利用RNA-seq测序技术对甘蔗主茎(节间短)和分蘖茎(节间长)叶片样品RNAs进行了转录组测序并进行从头组装分析。结果表明,共获得测序数据量11.16Gb,其中甘蔗主茎(BG-stalk)为5.67Gb,分蘖茎(BG-tiller)为5.49Gb。去冗余后,denovo组装得到69204条Unigene,并对这些Unigene进行七大功能数据库(NR,NT,GO,COG,KEGG,Swissprot和Interpro)注释,结果发现,有83.73%(57942条)的Unigene得到注释,16.27%(11262条)的Unigene未被注释。所有的Unigene共有9156个SSR(simple sequence repeat)位点,其中三核苷酸重复最多、四核苷酸重复最少,且CCG/CGG出现的频率最高。差异表达基因分析显示,分蘖茎(BG-tiller)样品表达的上调基因有1842个,下调基因的有2663个。进一步对这些差异表达基因进行GO和Pathway功能分类分析,分别获得57个功能小组和19条生物通路。本研究对甘蔗主茎和分蘖茎叶片转录组信息进行初步分析,获得了分蘖茎表达上调和下调的差异基因,为后面进一步分析调控甘蔗节间长短差异的基因及挖掘甘蔗分蘖生育调控相关基因提供数据参考。
分类号： S566.1
- 相关文献
[1]雏鸡红细胞免疫相关基因差异表达的时序性研究. 贾悦,李月健,喻进,张晨亮,李娜娜,卢晓晓,张宁,李欣,张鼎,郝卫芳,马海利,高文伟,赵宇军,高诗敏,李建慧,李桂兰,闫芳,韩凌霞,宁官保,田文霞. 2015
[2]基于RNA-Seq的稻瘟病菌Δznf1突变体的表达谱分析. 岳晓凤,阙亚伟,王政逸. 2016
[3]玉米穗发芽突变体vp-like8的转录组分析. 郭宇航,郑军,李润植. 2020
[4]用ZBED6基因敲除猪研究心脏发育的分子机制. 王丹丹,唐雨婷,马月辉,王立刚,潘登科,蒋琳. 2018
[5]苹果叶片不定芽再生过程的差异表达基因鉴定与分析. 刘锴,何闪闪,张彩霞,张利义,卞书迅,袁高鹏,李武兴,康立群,丛佩华,韩晓蕾. 2021
[6]ZBED6基因敲除猪肾脏转录组分析. 田文杰,王丹丹,王圣楠,马月辉,蒋琳,宋子仪. 2022
[7]绵羊卵巢颗粒细胞中BMP/SMAD通路激活前后基因表达差异分析. 贾一轩,李佳骏,龚一鸣,狄冉,王翔宇,储明星,梁琛. 2025
[8]基因本体论在福氏志贺菌转录组研究中的应用. 朱阵,刘翠翠,王婧,张继瑜,魏小娟,周绪正,李冰,郭肖. 2014
[9]基于RNA-seq的能源植物芒转录组分析. 张贤,王建红,喻曼,曹凯,庄俐,徐昌旭,曹卫东. 2015
[10]利用RNA-Seq技术筛选不同海拔地区山羊转录组SNP. 姚娜,张文广,张兵,赵倩君,左清清,董坤哲,冯爱琴,马月辉. 2012
[11]转录组测序技术的研究和应用进展. 崔凯,吴伟伟,刁其玉. 2019
[12]梨果皮转录组SSR位点信息分析. 薛华柏,杨健,王龙,王苏珂,苏艳丽,张慧蓉,刘月,李秀根. 2018
[13]感染和未感染南方水稻黑条矮缩病毒的白背飞虱成虫唾液腺转录组比较分析. 邓瑶,刘玉娣,王香萍,侯茂林. 2018
[14]日本血吸虫正常发育和发育阻遏雌虫的转录组差异分析. 程贵凤,李肖纯,秦芳林,何川川,刘金明,古少鹏,金亚美. 2019
[15]感染球孢白僵菌的家蚕免疫应答差异表达基因分析. 侯成香,覃光星,耿涛,高坤,潘中华,钱荷英,郭锡杰. 2014
[16]胶孢炭疽菌侵染不同抗性葡萄叶片的转录组学分析. 沈才琦,孙磊,张颖,姜建福,刘崇怀,樊秀彩. 2022
[17]卡尼鄂拉蜂越冬工蜂咽下腺转录组学分析. 范荣莉,王康,蔺哲广,张文文,刘振国,梁勤,陈国宏,吉挺. 2020
[18]不同生长时期梅花鹿鹿茸转录组分析. 张然然,刘华淼,王磊,邢秀梅,苏伟林,高兵. 2017
[19]二倍体和四倍体西瓜的转录组初步分析. 许哲,张晨光,张思远,王先裕,高建昌. 2020
[20]伞裙追寄蝇滞育和非滞育蛹之间的差异表达基因分析. 李媛媛,德力格尔,张博,林晨,石凯. 2022
作者其他论文 更多>>
-
广西甘蔗螟虫发生概况和动态变化
作者：吴延勇;李傲梅;张小秋;梁永检;李杨瑞;宋修鹏;吴建明
关键词：甘蔗;螟虫;发生规律;防治策略
-
桂糖甘蔗新品系黑穗病抗性鉴定及结果分析
作者：经艳;周会;刘昔辉;谭芳;张小秋;张荣华;宋修鹏;李杨瑞;颜梅新;雷敬超;覃振强;罗亚伟;李冬梅;韦金菊
关键词：甘蔗;黑穗病;抗性鉴定;人工接种;自然感病
-
甘蔗乙烯信号转导途径关键基因CTR1的克隆与表达分析
作者：王凡伟;肖冬;李杨瑞;何龙飞;王爱勤
关键词：甘蔗(Saccharum ssp. Hybrids);CTR1;基因克隆;基因表达
-
植保无人机在蔗田化学除草上的应用效果
作者：张小秋;宋修鹏;梁永检;宋奇琦;覃振强;李杨瑞;吴建明
关键词：甘蔗;植保无人机;化学除草;防除效果
-
转α-微管蛋白基因SoTUA甘蔗T2代的生理生化特性分析
作者：陈教云;KHAN Qaisar;韦江璐;唐丽华;董登峰;李杨瑞
关键词：甘蔗;SoTUA基因;抗寒性;生理生化;遗传稳定性
-
甘蔗脱毒种苗第三代种茎不同体积单芽育苗差异及其移栽效果
作者：范业赓;闫海锋;陈荣发;丘立杭;周慧文;黄杏;翁梦苓;吴建明;李杨瑞;韦生满
关键词：甘蔗;脱毒种苗;单芽;移栽;产量;蔗糖分
-
影响甘蔗内生成团泛菌XD20生长和促生特性的因子分析
作者：覃英;韦江璐;陈炯宇;邢永秀;李杨瑞
关键词：成团泛菌XD20;环境因子;溶磷;嗜铁;生长特性