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苹果U6启动子的克隆及功能分析

文献类型： 中文期刊

作者： 卞书迅;韩晓蕾;袁高鹏;张利义;田义;张彩霞;丛佩华

作者机构：

关键词： 苹果;U6启动子;荧光素酶;本氏烟草;愈伤组织

期刊名称：中国农业科学

ISSN： 0578-1752

年卷期： 2019 年 52 卷 23 期

页码： 4364-4373

收录情况： 北大核心（2020版） ; CSCD（2020-2021年度） ; 农林核心（2020版） ; 科技核心（2020版）

摘要： [目的]U6启动子是CRISPR/Cas9基因组编辑载体系统中驱动sgRNA转录的重要元件,其可能存在物种特异性因子,且长度不同转录活性存在差异.迄今在苹果(Malus×domestica)上对U6启动子尚缺乏研究.因此,筛选出转录活性高且片段大小合适的苹果U6启动子,可以优化苹果CRISPR/Cas9基因编辑体系.[方法]利用软件DNAMAN以及启动子元件在线分析网站PLACE和plant CARE对苹果U6启动子进行比对分析;克隆并构建U6启动子驱动萤火虫荧光素酶基因(Firefly luciferase,LUC)的融合表达载体,利用农杆菌介导的瞬时转化法分别转染苹果愈伤组织和本氏烟草(Nicotiana benthamiana)叶片;通过检测荧光素酶活性对各U6启动子进行转录活性比较.[结果]苹果基因组中共检索到6条U6 snRNA(E-value<3e-40),分别位于第6、7、9、10、15和17号染色体上,取5′端27 bp snRNA及其上游1500 bp作为候选U6启动子.序列比对结果显示,苹果U6启动子与拟南芥相同,均具有两个保守的元件,包括上游序列元件(Upstream sequence element,USE)和TATA-Like box.瞬时转化后荧光素酶活性检测结果显示,10号染色体上的U6启动子转录活性最高,10号染色体上5′端截短的U6启动子(长度分别为1500、959、275和116 bp)中275 bp的启动子活性最强.另外,在苹果愈伤组织中,苹果U6启动子的转录活性要显著高于拟南芥U6启动子.[结论]从苹果基因组克隆6条U6启动子,并筛选出一条转录活性高且片段长度较短的U6启动子.

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