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越橘果实转录组及R2R3-MYB转录因子分析

文献类型： 中文期刊

作者： 宋杨;刘红弟;张红军;窦连登

作者机构：

关键词： 越橘;转录组测序;R2R3-MYB;转录因子;生物信息学

期刊名称：园艺学报

ISSN： 0513-353X

年卷期： 2015 年 42 卷 12 期

页码： 2383-2394

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 以‘泽西’越橘(Vaccinium corymbosum‘Jersey’)不同发育阶段的果实为试材,构建De novo转录组测序文库并进行数据分析,利用Web Logo 3、CLC Sequence Viewer 6等软件和荧光定量PCR技术对所获数据中的R2R3-MYB转录因子进行生物信息学分析和表达分析。结果表明,转录组测序共获得有效数据6.01 Gb,通过组装得到Unigene序列60 481个。功能注释结果显示,有39 612个Unigene可以注释到GO和COG等数据库上;20 869个Unigene无匹配信息。利用GO和COG分类工具可将这些序列分别划分为55个和25个功能类别,涉及信号转导和转录调控等功能。利用所获数据分析越橘R2R3-MYB基因,结果表明共得到21个R2R3-MYB。序列分析显示,这21个基因均含有完整的R2R3-MYB区域,在此区域内2(G)和4(W)等30个氨基酸保守不变。进化树分析结果显示,越橘R2R3-MYB基因分为11个亚组。其中,S4、S5和S6亚组中有6个基因涉及到花青苷生物合成。荧光定量PCR结果分析显示,这6个基因在果实发育的7个阶段均能表达,但表达模式不同,这6个基因可能对越橘果实着色具有一定作用。

分类号： S663.9

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