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油棕线粒体比较基因组学和系统发育关系分析

文献类型： 中文期刊

作者： 苏相年;杨选文;侯婷;曾宪海;蒋国凤

作者机构：

关键词： 油棕;线粒体基因组;结构特征;基因组比较;系统发育

期刊名称：基因组学与应用生物学

ISSN： 1674-568X

年卷期： 2024 年

页码：

收录情况： 北大核心（2023版） ; ; CSCD（2023-2024年度） ; ; 科技核心（2024版）

摘要： 油棕（Elaeis guineensis L.）是棕榈科（Arecaceae）油棕属（Elaeis）重要的产油乔木，具有较高的经济价值，在全球热带和亚热带地区广泛栽培利用。为探究油棕线粒体基因组特征以及线粒体基因组系统发育关系，本研究利用三代测序数据组装了油棕线粒体基因组，碱基总长度为676 774 bp。油棕线粒体基因组共鉴定到99个基因，包括45个不同功能类型的蛋白编码基因（protein-coding genes， PCGs）、47个tRNA和7个rRNA编码基因，还鉴定到80个简单重复序列（simple sequence repeats， SSR）和952个大于或等于300 bp的散在重复序列。通过将裸子植物、被子植物、苔藓植物和藻类植物的线粒体比较，发现裸子植物的线粒体基因组G+C含量最高，被子植物的G+C含量相近，苔藓植物线粒体基因组最小，藻类植物线粒体G+C含量最低；其中棕榈科植物油棕、椰子（Cocos nucifera）和海枣（Phoenix dactylifera）的线粒体基因组大小相近，G+C含量均为45%左右，且精氨酸（Arg）是棕榈科线粒体使用频率最高的重叠密码子。系统发育关系和共线性分析表明油棕和椰子相较油棕和海枣具有更近的亲缘关系。三种棕榈科植物的线粒体基因组展现了较低的结构变异率，但呈现出较高的序列多样性。本研究基于三代数据组装了油棕线粒体基因组，为棕榈科物种种质资源保护、线粒体比较基因组学、遗传多样性、系统发育以及密码子偏好性提供了良好的数据支撑。

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