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芸薹属蔬菜分子标记数据库VEGMarkerDB的开发与应用

文献类型： 中文期刊

作者： 杨宝菊;贺小宁;陈海旭;蔡旭;侯佳伟;李玉芳;王辉;王晓武;武剑

作者机构：

关键词： 芸薹属;分子标记;数据库;在线批量引物设计;KASP

期刊名称：园艺学报

ISSN： 0513-353X

年卷期： 2025 年

页码：

收录情况： 北大核心（2023版） ; ; CSCD（2025-2026年度） ; ; 科技核心（2024版） ; ; 农林核心（2024版）

摘要： 分子标记作为DNA水平遗传多态性的直接表征，在蔬菜遗传研究中具有重要应用价值。针对现有分子标记分析工具存在操作复杂、引物设计效率低下的问题，本研究基于SNP和InDel分子标记开发了整合数据存储与高通量引物设计的芸薹属蔬菜分子标记数据库VEGMarkerDB。系统采用B/S架构，基于Django框架构建后端服务，结合MySQL数据库管理系统，整合了白菜（Brassicarapa）、甘蓝（B.oleracea）、甘蓝型油菜（B. napus）和芥菜（B. juncea）四大类作物的重测序数据及VCF变异文件。数据库提供变异位点检索服务，可以根据染色体位置查询，实现分子标记信息的快速定位。创新性地开发了在线批量引物设计模块，采用并行计算技术处理用户提交的批量设计任务，通过可视化界面实时反馈候选引物参数（包括退火温度、GC含量、产物长度等），并生成标准化实验报告。利用实验室现有材料对本数据库设计的KASP引物进行验证，设计成功率高达95%以上。VEGMarkerDB实现了芸薹属蔬菜多物种分子标记资源的整合管理；实现了基于Web的批量化引物设计解决方案；建立了实验验证与算法优化的闭环反馈机制。VEGMarkerDB(vegmarker.top)为芸薹属蔬菜分子育种研究提供了高效的技术平台，其基于通用关系型数据库架构的模块化设计可扩展应用于其他作物体系。

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