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基于RNA测序技术鉴定和分析绒山羊毛囊不同生长期mRNA的可变剪接

文献类型： 中文期刊

作者： 李莹莹;董华娇;梁千千;张洁;李甜甜;许赫;马月辉;韩吉龙;杨敏

作者机构：

关键词： 绒山羊;毛囊周期性生长;可变剪接;RNA-seq

期刊名称：中国草食动物科学

ISSN： 2095-3887

年卷期： 2024 年

页码：

收录情况： 北大核心（2023版） ; ; 农林核心（2020版）

摘要： 可变剪接（Alternative splicing， AS）是在转录后水平调控基因表达的一种重要方式。为挖掘调控绒山羊毛囊周期性生长相关的关键可变剪接，通过比较绒山羊绒毛不同生长时期的皮肤转录组数据，共鉴定到6191个差异可变剪接。以P-value < 0.05， IncLevelDifference > 0.1为标准筛选差异的可变剪接，并进行功能分析。结果显示：转换期Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ中分别鉴定到1615、1667、1387和1522个差异可变剪接，分别对应了1202、1268、1073、1170个基因。这些基因主要富集于Notch、Hedgehog、mTOR、AMPK、PI3K-Akt、Wnt、TGF-β等与毛囊发育相关的信号通路。蛋白互作网络结合富集分析表明，Ctnnb1、Gsk3b、Tgfbr1、Vegfa、Gli1等基因产生的可变剪接可能参与调控毛囊周期性生长。综上可知，可变剪接在绒山羊毛囊周期性生长过程中普遍存在，且在不同发育阶段间存在差异；鉴定到调控绒山羊毛囊周期性生长发育相关的关键差异可变剪接基因及其重要信号通路。研究结果为解析绒山羊毛囊周期性生长提供新的理论参考。

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