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茶树基因组SSR位点挖掘及荧光标记开发

文献类型： 中文期刊

作者： 李栋梁;周颖怡;王景飞;张雯婷;汤适;曾繁敬;郝心愿

作者机构：

关键词： 茶树(Camellia sinensis);全基因组;SSR标记;引物多态性

期刊名称：分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2023 年

页码：

收录情况： 北大核心（2020版） ; ; 科技核心（2023版） ; ; 农林核心（2020版）

摘要： 基于NCBI数据库公开的茶树“舒茶早”(Camellia sinensis var. ‘Shuchazao’)全基因组序列，通过MISA在线分析工具挖掘SSR位点，并使用Primer 3.0软件批量开发设计引物，随机挑选引物检测有效性，采用荧光标记毛细管电泳技术验证筛选多态性较高的引物。结果表明，茶树全基因组中共挖掘659 053个SSR位点，相对丰度212个/Mb。二核苷酸重复类型数量最多(469 096个， 占比71.18%)、长度最长(8 725 988 bp， 占比61.34%)、出现频率最高(151.06个/Mbp)、密度最大(2 809.97 bp/Mbp)，三核苷酸重复类型数量(99 716个， 占比15.13%)、长度(2 801 472 bp，占比19.69%)、出现频率(32.11个/Mbp)、密度(902.14 bp/Mbp)均次之。6个串联重复的SSR基序类型最多(146 844个，占比22.28%)，7个串联重复的SSR基序类型数量次之(87 136个， 占比13.22%)。从200对随机引物中筛选出137对引物可以扩增成功，其中82对可能存在多态性，使用8个茶树栽培品种进行筛选验证，其中22对引物具有多态性，其等位基因数(Na)、有效等位基因数量(Ne)、香农遗传多样性信息指数(I)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、固定指数(F)、多态性信息含量(PIC)平均值分别为5.091、3.387、1.347、0.591、0.675、0.122、0.634，筛选出的引物中有20对高度多态性信息引物(PIC＞0.5)、2对中度多态性信息引物(0.4＜PIC＜0.5)，引物多态性丰富。通过茶树全基因组序列批量开发多态性SSR标记引物，可为茶树种质资源分子鉴定、品种权保护及辅助育种提供技术参考。

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