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橘小实蝇离子型受体基因家族的全基因组注释及分析

文献类型： 中文期刊

作者： 杨明寰;王齐;严善春;刘伟;王桂荣

作者机构：

关键词： （0-1-2）橘小实蝇;离子型受体;全基因组鉴定;基因特征;系统发育;进化

期刊名称：昆虫学报

ISSN： 0454-6296

年卷期： 2025 年

页码：

收录情况： 北大核心（2023版） ; ; CSCD（2025-2026年度） ; ; 科技核心（2024版） ; ; 农林核心（2024版）

摘要： [目的]离子型受体(ionotropic receptors,IRs)在昆虫的嗅觉、味觉、温度和湿度感受等方面起到重要的作用。本研究结合转录组数据在全基因组水平上对橘小实蝇Bactrocera dorsalis离子型受体基因家族进行鉴定,为进一步研究橘小实蝇离子型受体基因功能提供理论基础。[方法]利用隐马尔可夫模型、多重比对、基因结构域和系统发育分析在橘小实蝇全基因组中鉴定IR基因。利用TBtools对IR基因家族进行染色体定位、基因全长结构、蛋白保守基序和共线性分析,并通过EasyCodeML计算进化压。利用Hisat2及Stringtie软件计算分析橘小实蝇IR基因在外周神经组织(触角、口器、前足、中足、后足和产卵器)中的表达模式,并利用qPCR进行验证。[结果]在橘小实蝇全基因组中共鉴定获得39个候选IR基因,全部位于常染色体上,其中26个IR基因获得了转录组支持的CDS全长结构;全长IR基因共享2～8个相同的蛋白保守基序,说明其结构的保守性;28个候选IR基因与果实蝇属Bactrocera其他实蝇的IR基因存在共线性关系,其中1个IR基因受到强烈的负选择;17个候选IR共线性基...

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