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泛基因组图谱揭示转座子在非洲栽培稻驯化中的作用

文献类型： 中文期刊

作者： 李笑霞;张天驰;贺文闯;贺慧英;盘楠;刘祎凡;钱前;商连光

作者机构：

关键词： （1-1-2）非洲栽培稻;短舌野生稻;转座子;泛基因组;驯化过程

期刊名称：中国水稻科学

ISSN： 1001-7216

年卷期： 2025 年

页码：

收录情况： 北大核心（2023版） ; ; CSCD（2025-2026年度） ; ; 科技核心（2024版） ; ; 农林核心（2024版）

摘要： 【目的】转座子（TEs）是水稻遗传多样性的重要来源，并在亚洲栽培稻（Oryza sativa）的驯化过程中发挥了关键作用。然而，由于TEs序列的高度重复性，其鉴定通常依赖于高质量的基因组序列。目前，非洲栽培稻（Oryza glaberrima，Og）的基因组资源有限，导致对其TE的多样性及其在驯化过程中的贡献仍然缺乏系统性研究。【方法】本研究基于11份Og和10份短舌野生稻（Oryza barthii，Ob）的染色体级别的基因组序列，首次构建了Og和Ob群体的高精度泛TE变异图谱。通过对该图谱进行选择性分析，鉴定了854个在Og驯化过程中受到选择的TE变异。【结果】该泛TE图谱共包含17，097个高质量的TE变异，覆盖基因组总长度39.1 Mb，其中61.7%的TE变异长度超过1 kb。Ob群体的TE变异总数高于Og群体。在Og驯化过程中，共鉴定出658个含受选择TE变异的基因，这些基因显著富集于基础代谢相关的生物过程，其中包括30个在Og独立驯化过程中发挥作用的已知功能基因。【结论】本研究揭示了TE变异是Og驯化过程中表型变异的重要来源，构建的高质量泛TE变异图谱不仅丰富了水稻育种的可用变异库，也为Og种质资源的遗传改良提供了重要的理论依据和资源支持。

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