文献类型： 中文期刊
作者： 周思琦;龚文兵;夏志兰;吴秋云;王亚东
作者机构：
关键词： 秀珍菇;全基因组;简单重复序列;碱基基序;遗传多样性
期刊名称： 湖南农业大学学报（自然科学版）
ISSN： 1007-1032
年卷期： 2023 年 49 卷 2 期
页码：
收录情况： 北大核心（2020版） ; ; CSCD（2023-2024年度） ; ; 科技核心（2023版） ; ; 农林核心（2020版）
摘要： 利用GenBank数据库中秀珍菇(Pleurotus pulmonarius)的全基因组序列进行简单重复序列(SSR)位点挖掘。在秀珍菇PM_ss5基因组中共检测出2348个SSR位点,相对丰度为平均1 Mb中含有59个SSR位点；所有SSR位点中,以二核苷酸SSR为主(51.8%),三核苷酸SSR次之(27.7%)；经鉴定的秀珍菇SSR位点包含141种碱基基序,优势碱基基序为GA/TC、CT/AG；SSR长度变化范围为10~156 bp,其中,10~15 bp的SSR位点占比为77.2%；在秀珍菇和其他4种侧耳属真菌基因组中,都是以短核苷酸SSR为主,秀珍菇二核苷酸SSR占比高于其他侧耳属菌株；利用筛选的53对多态性引物对18个秀珍菇菌株进行遗传多样性分析,结果发现参试菌株表现出中度遗传多样性,平均Shannon信息指数为0.38,平均Nei’s基因多样性为0.23,平均有效等位基因数为1.35。
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