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一种快速挖掘鸡品种特征性SNP标记集合的方法

文献类型： 中文期刊

作者： 白露;王梦杰;马小春;何政肖;谭晓冬;刘杰;赵桂苹;文杰;刘冉冉

作者机构：

关键词： 鸡;主成分分析;群体分化指数;连锁不平衡;特征性SNP标记集合

期刊名称：畜牧兽医学报

ISSN： 0366-6964

年卷期： 2023 年

页码：

收录情况： 北大核心（2020版） ; ; CSCD（2023-2024年度） ; ; 科技核心（2023版） ; ; 农林核心（2020版）

摘要： 旨在建立一种快速挖掘鸡品种/品系特征性SNP标记集合的方法，实现通过少量SNP标记将目标品种/品系与其他品种/品系区分的目标。本研究以北京油鸡、京星黄鸡、7个山东地方鸡种、5个云南地方品种、藏鸡和白羽肉鸡专门化品系等19个品种/品系全基因组重测序数据为素材，通过群体分化指数分析后，提取MEAN＿FAST ≥0.65的SNP标记，进一步通过连锁不平衡分析提取独立SNP来缩减特征性SNP标记集合。随机选择6个品种/品系对该方法进行检验，结果表明，通过一次群体分化指数和连锁不平衡分析后进行位点筛选后，即可分别获得北京油鸡、白羽肉鸡品系、京星黄鸡H系和京星黄鸡D2系的126个、114个、213个和226个特征性SNPs位点，将目标品系与其它共18个代表性品种分开。对于在主成分和聚类分析中聚集在同一个分支的武定鸡和瓢鸡，通过该方法可分别获得204个和178个特征性SNPs标记，将之与其它代表性品种分开。综上，通过本方法，可得到目标品种114个～226个SNPs标记构成的集合，进一步利用主成分分析即可将目标品种/品系与其它代表性品种进行区分。该方法流程简便，获得的特征性SNP标记相对较少，有利于控制检测成本，可应用于地方品种或商业化品系的“分子身份证”构建，辅助种质资源保护和鉴定工作。

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