数字农科院2.0

基于全基因组重测序的白化茶树mSNP标记开发及验证

文献类型： 中文期刊

作者： 刘浩然;张晨禹;龚洋;叶圆圆;陈杰丹;陈亮;刘丁丁;马春雷

作者机构：

关键词： 茶树;mSNP分子标记;靶向测序基因型检测;遗传多样性;全基因组重测序

期刊名称：茶叶科学

ISSN： 1000-369X

年卷期： 2023 年 01 期

页码：

收录情况： 北大核心（2020版） ; ; CSCD（2023-2024年度） ; ; 科技核心（2023版） ; ; 农林核心（2020版）

摘要： 为探究白化茶树遗传变异信息及mSNP液相芯片在茶树种质资源鉴定中的可行性，利用全基因组重测序对18份白化茶树资源进行遗传多样性分析和突变位点检测。结果表明，基于全基因组水平的SNP标记可将18份白化茶树资源分为3类，且基本呈现出具有亲缘关系或地理位置接近的资源聚在一起的趋势；对重测序数据进行功能注释后发现，在18份白化茶树资源中存在17 056个共有非同义突变基因，其中14个叶绿素合成相关基因中存在98个错义突变位点。随后，基于前期获得的基因组变异信息开发了一套包含59个mSNP、222个SNP位点的液相芯片，利用该液相芯片检测13份茶树资源的基因型信息。结果表明，同一品种两两之间的遗传相似度在92%～98%，不同品种间的遗传相似度则在84%以下，表明该芯片可对18份白化茶树资源进行准确鉴别，研究结果可为mSNP液相芯片在茶树种质资源鉴定、分子标记辅助育种等方面的应用奠定基础。

分类号：

  • 相关文献

[1]基于全基因组重测序对武雪山羊的遗传进化分析. 任千姿,张佰忠,王真勍,王向林,龚颖,胡仁科,浦亚斌,苏鹏,李业芳,马月辉,李昊帮,蒋琳. 2025

[2]基于重测序数据分析太行山羊种公羊遗传多样性及群体结构. 姚书海,熊金珂,杨培福,朱硕,孙歆恬,尚明玉,鲍晶晶,黄举鹏,孙敬华,张莉. 2025

[3]基于EST-SSR的64个茶树品种遗传多样性与群体结构分析. 杨军,王让剑,孔祥瑞,郑国华,苏峰. 2018

[4]基于叶绿体rbcL和trnH-psbA序列的湖南茶树资源遗传多样性与亲缘关系研究. 刘振,成杨,赵洋,杨培迪,杨阳. 2018

[5]利用ISSR标记分析福云(半)同胞系茶树品种(系)的遗传多样性和亲缘关系. 余继忠,杨亚军,黄海涛,陈亮,姚明哲. 2009

[6]云南大茶树遗传多样性的EST-SSR分析. 周萌,李友勇,孙雪梅,王家金,谢瑾,成浩,汪云刚,刘本英. 2013

[7]15个茶树品种遗传多样性的RAPD分析. 陈亮,杨亚军,虞富莲,高其康,陈大明. 1998

[8]基于EST-SSR的福建地区茶树资源遗传多样性和亲缘关系分析. 刘振,姚明哲,王新超,陈亮. 2009

[9]我国茶树无性系品种遗传多样性和亲缘关系的ISSR分析. 姚明哲,陈亮,王新超,赵丽萍,杨亚军. 2007

[10]广西茶树地方品种遗传多样性和遗传结构的EST-SSR分析. 周炎花,乔小燕,马春雷,乔婷婷,金基强,姚明哲,陈亮. 2011

[11]基于SSR标记的茶树新品种遗传多样性分析及指纹图谱构建. 章志芳,马建强. 2012

[12]川、渝地方茶树品种的遗传多样性和群体结构. 姚明哲,马春雷,金基强,马建强,陈亮. 2012

[13]浙江省茶树地方品种与选育品种遗传多样性和群体结构的EST-SSR分析. 乔婷婷,马春雷,周炎花,姚明哲,刘饶,陈亮. 2010

[14]利用ISSR和EST-SSR标记分析茶树遗传多样性的比较. 刘本英,孙雪梅,李友勇,唐一春,贺巍,汪云刚,王平盛. 2009

[15]基于EST-SSR标记的云南野生茶树遗传多样性分析. 周萌,李友勇,孙雪梅,王家金,谢瑾,成浩,汪云刚,刘本英. 2013

[16]利用EST-SSR标记研究适制绿茶与乌龙茶品种的遗传多样性与遗传结构. 吴晓梅,姚明哲,马春雷,王新超,陈亮. 2010

[17]基于EST-SSR的广东与广西茶树资源遗传结构和遗传分化比较分析. 乔小燕,乔婷婷,周炎花,金基强,马春雷,姚明哲,陈亮. 2011

[18]基于EST-SSR的福云(半)同胞系茶树品种(系)遗传多样性和亲缘关系分析. 余继忠,黄海涛,姚明哲,杨亚军. 2010

[19]基于EST-SSR标记的云南大茶树遗传多样性分析. 周萌,李友勇,孙雪梅,王家金,谢瑾,成浩,汪云刚,刘本英. 2013

[20]云南白莺山地区茶树遗传多样性研究. 毛娟,江鸿键,李崇兴,马建强,陈亮. 2018

作者其他论文 更多>>