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基因Ⅱ型猫杯状病毒XA20-2023株的分离鉴定及基因组序列分析

文献类型： 中文期刊

作者： 谈晓梅;张琦;张树梅;朱旭;董宁宁;李娜;刘光清;徐彦召;孟春春

作者机构：

关键词： 猫杯状病毒;分离鉴定;全基因组序列;序列分析

期刊名称：中国预防兽医学报

ISSN： 1008-0589

年卷期： 2024 年 46 卷 7 期

页码：

收录情况： 北大核心（2023版） ; ; CSCD（2023-2024年度） ; ; 科技核心（2024版） ; ; 农林核心（2020版）

摘要： 为了解猫杯状病毒(FCV)的生物学特性及遗传规律,本研究对从陕西西安地区采集的17份疑似FCV感染的口鼻咽样品经PCR检测,并经PCR扩增FCV阳性样品的VP1基因并测序。采用SnapGene软件分析GenBank中国内外23株FCV参考株与所测VP1的氨基酸序列,结果显示,17份拭子样品中有6份呈FCV阳性,阳性率为35.3%。氨基酸序列分析结果显示,所测VP1序列中有一条与GⅡ型FCV VP1氨基酸序列存在3处相同的变异,分别为N^(377)K、A^(539)V、G^(557)S,其余5条VP1氨基酸序列的变异与GI型FCV的VP1一致。表明所测VP1基因序列对应的FCV属于GⅡ型。将该FCV阳性样品接种CRFK细胞进行病毒的分离与传代,并在传代过程中观察细胞的CPE。将传至5代的病毒分别采用PCR与间接免疫荧光试验(IFA)鉴定,结果显示连续传5代后,每代CRFK细胞均产生稳定且典型的CPE,并能观察到FCV的特异性绿色荧光,表明分离到一株GⅡ型FCV并命名为XA20-2023株。经PCR分段扩增第5代分离病毒的全基因组序列,测序拼接后显示XA20-2023株全长7 687 bp。采用MegAlign软件分析该株病毒与GenBank中10株FCV的全基因组、非结构蛋白、VP1及VP2编码基因序列的同源性。采用MEGA 11软件中的NJ法构建XA20-2023株与GenBank中85株FCV参考株全基因组序列的系统发育树。同源性分析结果显示,XA20-2023株与GenBank中10株FCV全基因组序列的同源性为76.4%~84.2%,与GⅡ型FCV SH株全基因组序列的同源性最高为84.2%,与GI型疫苗株F9、F4及FCV 255株全基因组序列的同源性分别为76.4%、77%及77.1%。非结构蛋白编码基因序列的同源性差异最大的是NS2(74.6%~94.2%),差异最小的是NS6(77.3%~82.9%)。VP1及VP2编码基因序列的同源性分别为73.7%~83.8%及76.0%~87.5%。进化树结果显示XA20-2023株与GⅡ型分离株处于同一分支,与GI型疫苗株F9和F4的遗传距离较远。上述结果进一步表明,XA20-2023株为GⅡ型FCV,与FCV代表株尤其是GI型疫苗株的同源性较低,且其变异程度较高。本研究丰富了西安地区流行的GⅡ型FCV基因库,并为后续揭示国内GⅡ型FCV的流行状况、遗传变异及其所致疫病的防制具有重要意义。

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