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一种基于相对熵的差异表达基因筛选方法

文献类型： 中文期刊

作者： 张恒益;王莹;郑惠玲

作者机构：

关键词： 相对熵;差异表达基因;手肘法;箱型图;抗噪性

期刊名称：中国畜牧杂志

ISSN： 0258-7033

年卷期： 2024 年

页码：

收录情况： 北大核心（2023版） ; ; CSCD（2023-2024年度） ; ; 科技核心（2024版） ; ; 农林核心（2020版）

摘要： 试验旨在针对传统的差异表达基因筛选方法对噪音敏感这一问题提出了一种基于相对熵的差异表达基因筛选方法，通过降低数据噪音，更加快速有效地筛选出差异表达基因。下载GEO数据库微阵列数据集GSE114384，分别采用基于相对熵的方法及传统的方差分析法对数据集中绵羊感染副结核期间的差异表达基因进行了筛选并进行了抗噪性及运行速度试验。结果发现，基于相对熵的方法筛选出了大多数差异表达基因，且抗噪性是方差分析法的约6～22倍，运行速度是方差分析法的约2～4倍。该试验结果表明基于相对熵的方法抗噪性强、运算速度快，可以用于含有噪音的大规模基因表达数据的差异表达基因筛选，为通过转录组测序数据挖掘差异表达基因的方法提供参考。

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