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海岛棉耐盐相关基因GbPLA1-32的克隆及生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

作者： 张红;张悦新;徐楠;芮存;范亚朋;王晶;韩明格;王琴琴;孙亮庆;陈修贵;陆许可;王俊娟;王德龙;王帅;郭丽雪;赵兰杰;陈超;陈全家;叶武威

作者机构：

关键词： 海岛棉;磷脂酶A1;基因克隆;表达分析;生物信息学分析

期刊名称：分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2022 年

页码：

收录情况： 北大核心（2020版） ; 科技核心（2021版） ; 农林核心（2020版）

摘要： 为了解海岛棉GbPLA1-32基因结构特征及功能，本研究以海岛棉‘海712’为实验材料，利用前期耐盐转录组测序结果筛选得到差异表达基因并进行克隆。通过生物信息学分析，获得‘海712’ GbPLA1-32基因全长CDS，分析该基因编码蛋白的理化性质、鉴定其亲水性与疏水性，对磷酸化和糖基化位点、信号肽和跨膜区以及蛋白质结构进行预测，确定亚细胞定位并构建系统进化树。结果表明，该基因编码区全长1530bp，编码509个氨基酸，编码蛋白在磷脂酶A1家族，属α/β-水解酶超家族。它属于亲水性蛋白，不存在明显信号肽且不具有跨膜结构，亚细胞定位于叶绿体中。同时，α-螺旋、延伸链、β-转角和无规卷曲这4个元件构成了GbPLA1-32蛋白的二级结构。进化树分析表明海岛棉与陆地棉亲缘关系最为接近，根据其编码蛋白将该基因命名为GbPLA1-32。RT-qPCR分析结果表明，GbPLA1-32基因能够对PEG和盐2种胁迫做出响应。本研究结果可为进一步阐明GbPLA1-32在海岛棉中的生物学功能提供参考。

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