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美洲南瓜全基因组InDel标记的开发与应用

文献类型： 中文期刊

作者： 董佳美;杨永照;孙柳清;卢秋晨;陈宛露;武喆;段颖;雷逢进;王长林;薄凯亮

作者机构：

关键词： 美洲南瓜;InDel标记;遗传多样性;指纹图谱

期刊名称：中国瓜菜

ISSN： 1673-2871

年卷期： 2025 年

页码：

收录情况： 北大核心（2023版） ; ; 农林核心（2024版）

摘要： 美洲南瓜（Cucurbita pepo L.）遗传多样性丰富、用途广泛，是具有较高经济价值的重要蔬菜作物之一。为系统开发其全基因组InDel标记，本研究对属于不同亚种的两份美洲南瓜种质Jin-GL（C. pepo ssp. texana）和HM-S2（C. pepo ssp. pepo）进行了重测序，在每条染色体上筛选并成功验证了5个多态性InDel位点，共计开发了100个标记。利用81份南瓜材料对上述标记进行多态性检测，结果显示：供试种质遗传背景较为广泛（香农遗传多样性指数平均为1.00），标记多态性较高（多态性信息含量平均为0.56）。利用非加权组平均法（UPGMA）将81份材料在遗传相似系数为0.65时分为4个类群，第Ⅰ类包含45份材料，主要为ssp. texana的蔓生观赏类型美洲南瓜种质；第Ⅱ类包含34份材料，为ssp. pepo的栽培类型美洲南瓜种质；第Ⅲ类为1份野生南瓜种质；第Ⅳ类为1份印度南瓜种质。从100个多态性InDel标记中选取10个多态性最高的标记构建了指纹图谱。最后利用100对引物对237份美洲南瓜商品种（组合）进行了聚类分析，结果表明在遗传距离0.17时，籽用类型与肉用类型仍处于同一类群，仅在遗传距离为0.08时，籽用类型才呈现出独立成群的趋势；此外，无论是肉用类型还是籽用类型品种（组合），大部分均呈现出遗传背景较为狭窄的趋势。本研究拟为美洲南瓜种质资源的遗传多样性分析以及新品种选育提供理论基础。

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