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基于转录组数据挖掘不同日龄滩羊毛囊发育关键基因

文献类型： 中文期刊

作者： 马思佳;赵正伟;王锦;马丽娜

作者机构：

关键词： 滩羊;毛囊发育;差异表达基因;转录组测序

期刊名称：中国畜牧兽医

ISSN： 1671-7236

年卷期： 2024 年 09 期

页码：

收录情况： 北大核心（2023版） ; ; CSCD（2023-2024年度） ; ; 科技核心（2024版） ; ; 农林核心（2020版）

摘要： 【目的】比较不同日龄滩羊皮肤组织毛囊形态变化,挖掘影响毛囊发育的关键信号通路和候选基因,对揭示滩羊毛囊发育的分子调控机制具有重要意义。【方法】选取出生后0、35和55日龄的滩羊各3只,采集皮肤组织样品,利用HE染色法进行组织学分析;利用Illumina NovaSeq 6000平台进行转录组测序,采用DESeq2软件进行差异表达基因(DEGs)分析,并对DEGs进行KEGG通路富集分析,筛选出与毛囊发育相关的基因。随机选择10个DEGs用实时荧光定量PCR验证转录组测序结果。【结果】HE染色结果显示,随着滩羊日龄的增加,初级毛囊数量显著或极显著减少(P<0.05;P<0.01),次级毛囊数量极显著增加(P<0.01),且次级毛囊逐渐密集分布在初级毛囊周围,形成了毛囊群结构。转录组测序结果显示,在35和0日龄比较组中共筛选到681个DEGs,其中368个上调,313个下调;在55和0日龄比较组中共筛选到852个DEGs,其中469个上调,383个下调;在55和35日龄比较组中共筛选到194个DEGs,其中99个上调,95个下调。3个比较组DEGs取并集得到1 274个DEGs,可分成4个簇(K1～K4 cluster)。对各簇进行KEGG富集分析发现,这些基因显著富集在PI3K-Akt和MAPK等与毛囊形态发生相关的信号通路中,其中PDGFRA、PDGFRB、PDGFB、FGFR4和NR4A1基因在毛囊发育和分子调控机制中发挥重要作用。实时荧光定量PCR结果显示,所选10个DEGs的表达水平与转录组测序结果一致,说明测序结果可靠。【结论】本研究通过转录组测序分析挖掘到PDGFRA、PDGFRB、PDGFB、FGFR4和NR4A1是毛囊发育过程中的重要候选基因,为进一步揭示滩羊裘皮性状形成的分子机制提供了理论依据。

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