数字农科院2.0

“太行云牛”群体遗传结构与基因组选择信号分析

文献类型： 中文期刊

作者： 王坤;张元庆;陈卓;刘彦杰;王泽昭;李博;程景;牛晓艳

作者机构：

关键词： “太行云牛”;基因芯片;遗传结构;选择信号;候选基因

期刊名称：中国农业大学学报

ISSN： 1007-4333

年卷期： 2025 年 30 卷 08 期

页码：

收录情况： 北大核心（2023版） ; ; CSCD（2025-2026年度） ; ; 科技核心（2024版） ; ; 农林核心（2024版）

摘要： 为研究“太行云牛”群体遗传结构，筛选与“太行云牛”重要经济性状相关的基因组选择信号区域及候选基因，本研究利用“育芯1号”牛200 K液相芯片，分别对113头“太行云牛”和26头晋南牛进行了SNP检测、群体遗传结构分析、连锁不平衡衰减分析；应用FST和θπ方法筛选“太行云牛”中受选择的基因组信号区域，并通过GO和KEGG注释挖掘潜在的候选基因。结果显示：1)对芯片数据进行质控后共获得187 988个SNP位点，主成分分析和邻接树结果均显示“太行云牛”和晋南牛可清楚的分为2支，且2个群体均表现出连锁不平衡随遗传距离增加逐渐衰减的规律，“太行云牛”的连锁不平衡程度高于晋南牛。2)采用ADMIXTURE进行祖先成分分析，当K=3时，结果最接近真实的品种祖先成分，交叉验证误差值最小。3)2种分析方法共筛选到618个在“太行云牛”中受选择的位点，涉及257个基因，其中包括2个与毛色相关基因（KIT和MITF）,2个与脂肪沉积和肉嫩度相关基因（SOAT2和CYP2R1）,4个与繁殖过程相关基因（EIF4B和MAP3K1和IFNAR2和TGFβ2）,4个与抗病及应激相关的基因（PDGFRA和FGF6和KDR和RPS6KA6）。综上，本研究采用FST和θπ基因组选择信号分析在两群体基因组中筛选到618个受选择区域和257个受选择基因，这些选择信号涉及到毛色、脂肪代谢、繁殖、抗病、生长发育等生物学过程。本研究为“太行云牛”优良性状的分子机理提供了重要遗传信息，鉴定到的受选择位点和基因也为后续该品种分子育种和选种提供数据依据。

分类号：

  • 相关文献

[1]不同尾型绵羊全基因组选择信号检测. 刘真,王慧华,刘瑞凿,吴明明,张淑珍,张莉,赵福平,杜立新,魏彩虹. 2015

[2]基于群体分化指数F_(ST)的绵羊全基因组选择信号检测. 曾滔,赵福平,王光凯,吴明明,魏彩虹,张莉,李利,张红平,杜立新. 2013

[3]全基因组选择信号解析野牦牛和天祝白牦牛的遗传差异. 鲍麒,梁春年,郭宪,李吉叶,褚敏,阎萍. 2022

[4]京星黄鸡IMF系全基因组选择信号检测分析. 王永丽,刘晓静,崔焕先,文杰. 2022

[5]中畜草原白羽肉鸭与樱桃谷鸭的遗传差异分析. 于思梦,郭占宝,胡健,周正奎,侯水生. 2022

[6]油菜株高QTL定位、整合和候选基因鉴定. 张江江,詹杰鹏,刘清云,师家勤,王新发,刘贵华,王汉中. 2017

[7]全基因组扫描筛选德保矮马矮小性状相关候选基因. 阿地力江卡德尔,董坤哲,刘雪雪,何晓红,蒋琳,马月辉. 2015

[8]全基因组选择信号检测方法在家畜研究中的应用进展. 阿地力江·卡德尔,刘雪雪,杨敏,玛哈巴·肉孜,蒋琳,马月辉. 2016

[9]大白猪和通城猪全基因组选择性清扫分析. 李秀领,杨松柏,唐中林,李奎,刘榜,樊斌. 2012

[10]基于温带和热带玉米群体全基因组FST和XP-EHH的选择信号检测. 杨宇昕,邹枨. 2019

[11]家养动物选择信号研究进展. 潘章源,贺小云,王翔宇,郭晓飞,曹晓涵,胡文萍,狄冉,刘秋月,储明星. 2016

[12]德保矮马X染色体选择信号筛选. 刘雪雪,阿地力江·卡德尔,董坤哲,王月月,潘建飞,浦亚斌,何晓红,马月辉,蒋琳. 2015

[13]苏尼特羊全基因组选择信号检测. 王光凯,曾滔,王慧华,张淑珍,张莉,魏彩虹,赵福平,杜立新. 2014

[14]基于温带和热带玉米群体全基因组 Fst和XP-EHH 的选择信号检测. 杨宇昕,,邹枨. 2019

[15]全基因组选择信号揭示绵羊毛囊发育及脱毛性状相关的候选基因. 雷志惠,张利平,赵洪昌,朱韶华,卢曾奎,郭婷婷,孙渭博,赫雪,岳耀敬. 2022

[16]水稻全基因组选择信号检测方法比较及选择策略. 王君瑞,郑晓明,崔永霞,李嘉琦,李飞,宋玥,格金月,乔卫华,程云连,张丽芳,姜明国,杨庆文. 2023

[17]里岔黑猪基因组选择信号检测与分析. 何晓锦,郭建华,刘洪江,伊宝,于光辉,王源. 2023

[18]基因组选择信号揭示西×荷杂交牛杂种优势相关基因. 范婷婷,马毅,王兢,赵国耀,徐凌洋,陈燕,张路培,高会江,李俊雅,高雪. 2023

[19]基于50K液相芯片的中国绵羊群体遗传结构与羊毛性状选择信号分析. 张嘉良,黄畅,杨永林,杨华,白文林,马月辉,赵倩君. 2025

[20]渗透胁迫下水稻根系核仁小分子RNA转录本变化的全基因组表达分析. 马廷臣,陈荣军,余蓉蓉,曾汉来,张端品. 2012

作者其他论文 更多>>