鸽新城疫病毒BJ-C分离株基因组测序及系统发育分析
文献类型: 中文期刊
作者: 韩坤;梁琳;李复煌;梁瑞英;汤新明;丁家波
作者机构:
关键词: 鸽新城疫病毒;全基因组测序;F基因;系统发育分析
期刊名称:微生物学通报
ISSN: 0253-2654
年卷期: 2022 年
页码:
收录情况: 北大核心(2020版) ; ; CSCD(2021-2022年度) ; ; 科技核心(2021版)
摘要: 【背景】鸽新城疫是由鸽Ⅰ型副黏病毒(Pigeon paramyxovirus type Ⅰ, PPMV-1)感染引起的危害最严重的疫病之一,至今尚无有效的防控制剂。【目的】分析鸽新城疫病毒BJ-C株的基因组信息及系统发育关系,为鸽新城疫的防控提供科学依据。【方法】设计首尾重叠的6对特异性引物,利用分段扩增的方法,以鸽新城疫病毒BJ-C株基因组cDNA为模板,分别扩增、测序后进行全基因组序列拼接。以NCBI数据库中发布的新城疫病毒序列为参考,针对鸽新城疫病毒BJ-C株的基因组、F基因建立系统进化树。【结果】鸽新城疫病毒BJ-C株的基因组全长为15 192 nt。基于全基因组的遗传进化分析发现其与PPMV-1/BJ-01/CH株的遗传进化关系最近,核苷酸相似性为99.96%,氨基酸相似性高达100%,属于同一个分支,而与LaSota疫苗株等其他新城疫毒株的亲缘关系相对较远。基于F基因序列的系统发育树分析发现BJ-C株F基因与我国的BJP2013株同属一个分支。ClassⅡ类Ⅵ亚型F基因高变区序列(47-420 nt)比对结果显示,安徽株Pigeon/Anhui/2369/2012、广东株Pigeon/Guangdong/GZ288/2013、北京株BJP13、浙江株Pigeon/Zhejiang/2036/2012及比利时株PPMV-1/Belgium/11-09620/2011等与BJ-C毒株处于同一个分支,同属Ⅵb亚型。【结论】本研究获得了鸽新城疫病毒BJ-C株全基因组序列,分析了其系统发育关系,确定其属于ClassⅡ类Ⅵb型,为后续防控产品的开发提供了理论依据。
分类号:
- 相关文献
[1]鸽新城疫病毒毒力致弱株的拯救及免疫原性分析. 蒋艳玉,赵莎莎,孙娜娜,孙军峰,孔宪刚,刘胜旺,刘怀然. 2018
[2]猪戊型肝炎病毒黑龙江分离株SWHLJ-BXBX全基因组序列的测定与分析. 李海,王刚,张交儿,何希君,刘永刚,姜成刚,王淑杰,涂亚斌,蔡雪辉. 2017
[3]表型特征结合基因组分析鉴定不同菌落形态Bacillus velezensis ACCC 19742. 郭鹤宝,王星,何山文,张晓霞. 2020
[4]吉林地区高致病性PRRSV JL-04/12株的分离鉴定与全基因组测序. 王凤雪,郭利,温永俊,宋妮,杨艳玲,张淑琴,谭斌,武华. 2013
[5]Ⅰ型PRRSV全基因组cDNA克隆的构建及序列分析. 庄金山,张建武,袁世山. 2007
[6]猪伪狂犬病病毒HeN1株全基因组测序及感染和毒力相关基因的变异特征分析. 叶超,赵款,郭金潮,姜成刚,常晓博,王淑杰,王同云,彭金美,蔡雪辉,田志军,安同庆. 2015
[7]MG-S6株MGA0553基因的功能研究初探. 高继业,丁铲,高勤学,陈鸿军. 2007
[8]固氮斯氏假单胞菌全基因组测序和表达谱初步分析. 燕永亮,杨剑,窦岳坦,何升,李红权,平淑珍,彭俊平,王忆平,金奇,林敏. 2006
[9]吉林地区高致病性PRRSV JL-04/12株的分离鉴定与全基因组测序. 王凤雪,郭利,温永俊,宋妮,杨艳玲,张淑琴,谭斌,武华. 2013
[10]耐辐射戈壁异常球菌基因组和转录组分析. 袁梦龙,赵鹏,张维,林敏,陈明. 2013
[11]吉林地区高致病性PRRSVJL-04/12株的分离鉴定与全基因组测序. 王凤雪,郭利,温永俊,宋妮,杨艳玲,张淑琴,谭斌,武华. 2013
[12]固氮斯氏假单胞菌A1501的PST1305(arsC)基因遗传进化及表达调控的研究. 樊慧俐,窦岳坦,燕永亮,平淑珍,林敏. 2008
[13]大豆叶片全长cDNA文库的构建及表达序列标签初步分析. 董志敏,常汝镇,关荣霞,李英慧,刘章雄,邱丽娟. 2005
[14]2014年我国2.1d亚型猪瘟病毒JSZL全基因组测序及分析. 张洪亮,冯丽苹,冷超粮,陈家锃,刘春晓,白云,王倩,安同庆,彭金美,蔡雪辉,田志军,童光志. 2015
[15]牛源O型口蹄疫病毒(FMDV)人工致弱株OMⅢ全基因组测序及其基因变异的研究. 王辉,柳纪省,王新宇. 2003
[16]未培养技术在瘤胃产甲烷菌群研究中的应用. 王兴文,王加启,赵圣国,李发弟,卜登攀. 2014
[17]禾谷孢囊线虫(Heteroderaavenae)不同龄期转录组比较分析. 王高峰,彭焕,黄文坤,孔令安,彭德良. 2014
[18]产NDM-1型碳青霉烯酶奇异变形杆菌的分离鉴定及耐药性分析. 王芷洋,彭浩恒,郭伟奇,王帝,张贝贝,王欣宇,胡剑刚,祁晶晶,田明星,鲍衍清,李海花,王少辉. 2023
[19]一株高产脂肪酶菌株WCO-9全基因组测序及比较基因组分析. 张泽颖,范清锋,邓云峰,韦廷舟,周正富,周建,王劲,江世杰. 2022
[20]牛病毒性腹泻病毒LN-1株的分离鉴定及基因组序列分析. 刘可欣,王超,张傲,刘佳利,谭斌,张淑琴. 2023
作者其他论文 更多>>
-
人间伪狂犬病研究进展
作者:刘砚涵;党安坤;梁琳;徐鸿;兰邹然;刘存
关键词:伪狂犬病病毒;病原学;脑炎;眼内炎;人畜共患
-
鸡球虫病疫苗研发新思考
作者:秦梅;汤新明;龚玉姣;史芳芸;王思;索勋
关键词:鸡球虫病;抗球虫病疫苗;Naive;Primed;肠道常驻记忆性T细胞
-
利用二代测序技术对柔嫩艾美耳球虫T-DNA整合位点的分析及鉴定
作者:郝振凯;汤新明;张媛媛;谢福杰;陈君敏;索静霞;索勋;刘贤勇
关键词:T-DNA整合位点;柔嫩艾美耳球虫;二代测序技术;转基因
-
犊牛感染性腹泻的流行现状及综合防控
作者:贾丽;武英豪;李燕;张建伟;彭清洁;鑫婷;张广智;马玉忠;丁家波
关键词:犊牛;感染性腹泻;病原;流行病学;检测;防治
-
F81细胞无血清悬浮驯化后培养猫泛白细胞减少症病毒的研究
作者:张久鑫;邵宝顺;朱辉;贾浩苒;梁琳;汤新明;崔尚金;梁瑞英;王龙涛
关键词:F81细胞;细胞驯化;无血清悬浮培养;猫泛白细胞减少症病毒
-
鸭坦布苏病毒分离鉴定及其囊膜蛋白遗传进化分析
作者:阴雅洁;梁瑞英;崔欢;孟利佳;倪维玲;乔思娜;郭康康;张博;李松励;侯绍华;董世山
关键词:鸭坦布苏病毒(DTMUV);分离鉴定;囊膜蛋白;遗传进化分析
-
北京地区1株鸽圆环病毒全基因组测定及遗传进化分析
作者:亓玉卓;梁琳;韩坤;梁瑞英;贾亚雄;崔尚金
关键词:鸽圆环病毒(PiCV);全基因组;遗传进化分析