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利用配对RNA-seq数据筛选显著差异背膘厚度松辽黑猪背最长肌差异表达基因

文献类型： 中文期刊

作者： 侍玉梅;马骏;赵延辉;原佳妮;沈奥;曹永春;盛熙晖;邢凯;白立景;翟丽维;王楚端

作者机构：

关键词： 松辽黑猪;背最长肌;背膘厚;转录组测序

期刊名称：中国畜牧杂志

ISSN： 0258-7033

年卷期： 2022 年

页码：

收录情况： 北大核心（2020版） ; 科技核心（2021版） ; 农林核心（2020版）

摘要： 本研究旨在利用转录组测序技术鉴定松辽黑猪背最长肌组织中的差异表达基因（DEGs），找出与猪脂肪沉积相关的潜在候选基因。通过对松辽黑猪进行活体背膘厚测定，选择具有极端背膘厚的3对个体（高、低各3头）为研究对象。取背最长肌组织提取RNA，并对其进行双末端转录组测序，然后，基于edgeR包的配对方法筛选差异基因，并进行生物学功能富集分析。结果鉴定出590个差异表达基因，其中，188个基因在高背膘厚组猪背最长肌组织中高表达，402个基因在低背膘厚组猪背最长肌组织中高表达。通过生物学功能分析发现，有42条显著富集通路，鉴定出的与脂肪沉积相关的通路有脂肪酸代谢、不饱和脂肪酸的生物合成以及PPAR信号通路等，筛选出FABP3、FADS1、FADS2、OLR1、ACSL1、LIPA和PLIN2为脂肪沉积性状的候选基因。该研究结果为进一步探究松辽黑猪肌内脂肪分子调控机制提供了参考。

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