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ssc-miR-486靶基因预测及生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

作者： 张秀秀;黄万龙;郭云涛;苗向阳

作者机构：

关键词： ssc-miR-486;生物信息学;脂肪沉积;猪

期刊名称：华北农学报

ISSN： 1000-7091

年卷期： 2016 年 31 卷 05 期

页码： 62-70

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 通过对ssc-miR-486进行靶基因预测及生物信息学分析,以探索其影响猪脂肪沉积的作用机制。首先利用实时荧光定量PCR技术对脂肪沉积能力相差较大的莱芜猪和大白猪皮下脂肪组织中ssc-miR-486表达情况进行比较研究,然后利用miRBase、Ensembl、NCBI等数据库及miRanda、PITA、RNAhybrid、Cytoscape、JASPAR、Promoter Scan等软件对ssc-miR-486进行生物信息学分析,包括保守性分析、转录因子结合位点预测、靶基因预测、GO富集分析和KEGG信号通路富集分析。结果表明,ssc-miR-486在脂肪沉积能力较强的莱芜猪皮下脂肪组织中发生显著上调。生物信息学分析结果发现,miR-486在各物种间非常保守,ssc-miR-486启动子区域有SREBP1、SREBP2等多个转录因子结合位点,获得的229个靶基因显著富集于脂质代谢、脂质生物合成、细胞代谢等生物学过程及类固醇生物合成、磷脂肌醇代谢、PPAR等信号转导通路中。结果表明,ssc-miR-486参与了猪脂肪沉积或脂肪代谢的调控,为今后研究脂肪沉积提供基础理论支撑。

分类号： Q811.4`R589.2

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