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绵羊全基因组ROH检测及候选基因鉴定

文献类型： 中文期刊

作者： 刘家鑫;魏霞;邓天宇;谢锐;韩建林;杜立新;赵福平;王立贤

作者机构：

关键词： 长纯合片段;基因组近交系数;高频ROH区域;候选基因;绵羊

期刊名称：畜牧兽医学报

ISSN： 0366-6964

年卷期： 2019 年 8 期

页码： 1554-1566

收录情况： 北大核心（2020版） ; CSCD（2020-2021年度） ; 农林核心（2020版） ; 科技核心（2020版）

摘要： 旨在利用长纯合片段(runs of homozygosity,ROH)信息评估不同绵羊群体的近交情况,并鉴定与绵羊经济性状相关的基因.本研究基于Illumina Ovine SNP50芯片对来自10个绵羊群体共440个个体进行全基因组ROH检测,统计ROH在不同绵羊群体中的数目、长度及频率,根据ROH计算基因组近交系数(FROH),并对高频ROH区域进行基因注释.结果,在10个绵羊群体中共检测到25 920个ROH片段,不同绵羊群体ROH的数目、长度、频率及分布存在明显差异.ROH平均数目的变化范围从10.17个(苏尼特羊)到95.99个(杜泊羊),平均长度的变化范围从2.04 Mb(四川藏羊)到4.71 Mb(罗布羊),平均FROH的变化范围从0.010(苏尼特羊)到0.172(杜泊羊).引进品种的(杜泊羊和德美羊)平均FROH明显高于地方品种.在地方绵羊群体中,西藏藏羊(0.085)具有最高的平均FROH.在高频ROH区域鉴定到26个与绵羊经济性状相关的基因,如与生长发育相关的基因NCAPG、LCORL、PRKAA2、FAIM2和HYDIN,与脂肪代谢相关的基因LEPR、WNT10B和NCKAP5L,与肉质及胴体性状相关的基因CDIPT、CAPN3和FGF9.基于ROH评估的近交情况可为绵羊种群育种和保种提供参考依据,鉴定到的候选基因可以作为绵羊标记辅助选择重要的基因.

分类号： S826.2

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