数字农科院2.0

普通烟草WRKY基因家族的鉴定及表达分析

文献类型： 中文期刊

作者： 向小华;吴新儒;晁江涛;杨明磊;杨帆;陈果;刘贯山;王元英

作者机构：

关键词： 普通烟草;WRKY基因家族;转录因子;生物信息学;基因表达

期刊名称：遗传

ISSN： 0253-9772

年卷期： 2016 年 38 卷 09 期

页码： 840-862

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： WRKY基因家族编码产物是一类含有WRKY保守结构域的转录因子(Transcription factors,TFs),在植物的生长发育、胁迫应答等过程中起着重要的作用。目前,已在多种植物中鉴定了WRKY基因家族,但在普通烟草(Nicotiana tabacum L.)中WRKY家族的系统鉴定与分析还未见报道。本研究利用WRKY保守域全蛋白序列PF03106检索普通烟草蛋白序列,获得WRKY家族候选序列共164个。利用多种生物信息学软件对该家族成员进行了系统进化树、保守结构域、亚细胞定位预测、染色体定位和组织表达等分析。分组鉴定和进化树分析结果显示,可将164个候选Nt WRKY蛋白分为Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ3个亚家族。其中,Ⅱ亚家族又可细分为Ⅱ-a、Ⅱ-b、Ⅱ-c、Ⅱ-d和Ⅱ-e共5个亚组。WRKY结构域分析结果显示,多数基因由2~5个外显子组成,各成员间的核心结构域高度保守,含有WRKY盒和锌指结构。亚细胞定位预测结果显示,大部分Nt WRKY成员都定位在细胞核中,参与核基因的转录调控;而第Ⅲ亚家族的大部分成员(74%)定位于细胞质基质中,可能参与细胞质基因的转录调控。染色体定位结果显示,共有154个Nt WRKY基因能够定位于24条染色体中,且呈不均匀分布,6号染色体上分布最多,含16个候选基因,10号染色体上分布最少,只有1个候选基因。组织表达分析结果显示,大部分Nt WRKY基因在烟草根、茎、叶中都有表达,但不同基因间的表达模式存在差异,这暗示了烟草Nt WRKY家族的不同成员在功能上可能具有多样性。研究还发现基因Nt WRKY26、Nt WRKY30、Nt WRKY32的表达模式受黑胫病原菌(Phytophthora parasitica var.nicotianae)诱导,可能与烟草?黑胫病菌互作机制相关。本研究不仅为研究普通烟草WRKY转录因子在调控生长发育过程中的作用奠定了相关理论基础,也为进一步分析普通烟草WRKY基因提供了有价值的信息。

分类号： Q943.2

  • 相关文献

[1]梨全基因组生长素反应因子(ARF)基因家族鉴定及表达分析. 欧春青,姜淑苓,王斐,赵亚楠. 2018

[2]普通烟草DREB转录因子的序列鉴定与表达分析. 胡军华,王大伟,杨明磊,王新,吴新儒,吴华,刘贯山. 2017

[3]普通烟草LBD基因家族的全基因组序列鉴定与表达分析. 孙亭亭,龚达平,张磊,陈雅琼,赵维,向小华,孙玉合. 2016

[4]普通烟草CDPK基因家族的克隆及表达分析. 太帅帅,刘贯山,孙玉合,陈珈. 2009

[5]普通烟草钙依赖蛋白激酶NtCDPK15的基因克隆及表达分析. 康乐,张丽,张磊,吴清章,丁安明,宗鹏,刘贯山. 2013

[6]普通烟草ARF基因家族序列的鉴定与表达分析. 孙亭亭,张磊,陈乐,龚达平,王大伟,陈雅琼,陈蕾,孙玉合. 2016

[7]普通烟草CESA基因家族成员的鉴定、亚细胞定位及表达分析. 徐宗昌,孔英珍. 2017

[8]急性T淋巴细胞性白血病关键基因的筛选与验证. 蒋光洁,陈燕华,郭维,张航,邹琳. 2018

[9]越橘果实转录组及R2R3-MYB转录因子分析. 宋杨,刘红弟,张红军,窦连登. 2015

[10]苹果WRKY基因家族生物信息学及表达分析. 谷彦冰,冀志蕊,迟福梅,乔壮,徐成楠,张俊祥,董庆龙,周宗山. 2015

[11]苹果MADS-box转录因子的生物信息学及其在不同组织中的表达. 董庆龙,冀志蕊,迟福梅,田义,安秀红,徐成楠,周宗山. 2014

[12]真核生物启动子研究概述. 李圣彦,,　郎志宏,,　黄大昉. 2014

[13]森林草莓全基因组MADS-box转录因子基因的鉴定及凤梨草莓果实FaMADS1基因克隆. 周厚成,李刚,赵霞,康兆茹,郭蔼光. 2014

[14]软枣猕猴ICE1基因克隆与生物信息学分析. 张庆田,范书田,李昌禹,艾军,秦红艳. 2019

[15]人参PgWRKY22基因的克隆及在磷胁迫下的表达分析. 梁浩,孙海,邵财,钱佳奇,张亚玉. 2023

[16]过表达玉米转录因子ABP9大幅度提高了转基因水稻的耐旱和耐盐性. 张敬原,张霞,孙宏,GynheungAn,范云六,赵军. 2006

[17]软枣猕猴桃果肉花色苷关键光响应调节因子AaMYB1的筛选. 崔雯,李玉阔,方金豹,乔成奎,黄海雷,齐秀娟. 2020

[18]锌对基因表达的影响. 计峰,罗绪刚,李素芬,刘彬,余顺祥. 2001

[19]草莓果实花色苷合成途径相关结构基因及FaMYB10表达模式差异分析. 宋盼,赵凤莉,宋艳红,赵倩倩,李刚,赵霞,刘丽锋,周厚成. 2020

[20]ApiAP2转录因子家族调控弓形虫生长发育的研究进展. 胡丹丹,罗润琪,梁瑞英,汪磊,梁琳,司红彬,丁家波,汤新明. 2024

作者其他论文 更多>>