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利用MISA工具对不同类型序列进行SSR标记位点挖掘的探讨

文献类型： 中文期刊

作者： 王希;陈丽;赵春雷

作者机构：

关键词： 分子标记;MISA;简单序列重复(SSR);标记位点挖掘

期刊名称：中国农学通报

ISSN： 1000-6850

年卷期： 2016 年 32 卷 10 期

页码： 150-156

收录情况： CSCD

摘要： 为扩大MISA工具(MIcro SAtellite identification tool)的适用范围,本研究尝试用MISA对其他类型的序列进行分析,探讨关键参数对分析结果的影响。研究收集了5种类型的甜菜序列数据,探讨了不同类型序列适用的相关分析参数,以及不同参数对分析结果的影响。利用MISA工具分析了5种类型的甜菜序列,其中4种来自公共数据库,1种来自课题组前期工作。结果表明在适当的参数下,配合适当的序列库格式化处理,MISA可以应用于不同的甜菜序列类型。可分析的序列库长度上限取决于去冗余工具的要求,并影响去冗余处理的时间和结果,重复单元长度的限定参数影响位点挖掘数量和引物设计成功率,序列长度的分布范围不影响分析。应用参数调整后的脚本,从5种甜菜序列库中共挖掘出了SSR标记位点约8000个。可知MISA的应用范围可以扩展,需要调整的关键参数包括2项:序列库的长度上限与重复单元长度。建议序列长度在程序与硬件允许的情况下尽量长,重复单元长度根据研究目标调整。

分类号： S566.3`Q811.4

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