文献类型： 中文期刊
作者： 侯冲;薛洋;李文东;赵平;李杰;王方方;徐志红;王平勇
作者机构：
关键词： 西瓜;果皮覆纹;基因定位;候选基因
期刊名称：果树学报
ISSN： 1009-9980
年卷期： 2022 年
页码：
收录情况： 北大核心（2020版） ; CSCD（2021-2022年度） ; 科技核心（2021版） ; 农林核心（2020版）
摘要： 【目的】精细定位调控西瓜果皮覆纹类型基因，开发分子标记。【方法】以本实验室选育的果皮覆齿条西瓜材料H2和覆网纹西瓜材料H9两个高代自交系为亲本，构建F1、BC1P1、BC1P2和F2群体。利用两亲本和F2群体中的果皮覆齿条单株和覆网纹单株分别构建两个亲本DNA混池和两个F2混池，开展全基因组混池重测序分析。基于重测序数据，初步定位候选基因，之后在初定位区间内开发和筛选多态性InDel标记，利用F2分离群体对候选基因进行进一步定位，筛选连锁标记，并分析区间内候选基因的序列。【结果】遗传分析结果表明，西瓜果皮覆纹性状是由一对显性基因控制的，西瓜果皮覆齿条对网纹是显性。通过混池重测序分析，初步将候选基因定位在6号染色体24.3-29.4 Mb的区间。在初定位区间内开发和筛选多态性InDel标记，利用全部368个F2单株将ClRs（Citrullus lanatus rind stripe）基因定位在28，252，905 bp-28，558，579 bp约305.7 kb的区间内，该区间内有35个基因，根据功能注释发现有4个基因（Cla97C06G126560、Cla97C06G126680、Cla97C06G126710 和Cla97C06G126770）的功能可能与果皮覆纹相关。通过克隆4个基因的CDS序列，发现Cla97C06G126680的CDS序列在两亲本中没有差异位点，其余3个基因均存在非同义突变位点。通过在F2群体和自然群体材料中对这些突变位点的基因型进行鉴定，发现3个基因的非同义突变位点与目标性状是共分离的。【结论】本研究将西瓜果皮覆纹调控基因精细定位到6号染色体305.7 kb区间内并开发了可用于辅助分子育种的标记InDel-93，Cla97C06G126560、Cla97C06G126680、Cla97C06G126710、Cla97C06G126770可能是西瓜果皮覆纹候选调控基因。
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