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基于棉花线粒体基因组全序列的SSR特征分析

文献类型： 中文期刊

作者： 宋岩;王祥勤;宋怡璇;张兰兰;李才华;方雨竹;康婉琳;李志宇;张晓;张锐

作者机构：

关键词： 棉花;线粒体基因组;SSR;MISA分析

期刊名称：分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2023 年

页码：

收录情况： 北大核心（2020版） ; ; 科技核心（2023版） ; ; 农林核心（2020版）

摘要： 棉花是世界上重要的经济作物，为了研究棉花线粒体基因组（mtDNA）遗传多样性，开发更多有价值的SSR分子标记，本研究选取8种棉花mtDNA全序列，利用MISA工具对其SSR序列进行分析。结果表明，8种棉花mtSSR数量为649～711个，SSR总长度在6 328～7 000 bp之间，平均长度在9.55～9.85 bp之间，发生频率为1.00～1.05 （n/kb），相对密度为9.54～10.33 （bp/kb）。SSR类型最多的为单核苷酸重复，A/T为优势基序，其次为二、四核苷酸重复，而三、五、六核苷酸重复较少，其中四核苷酸重复约为三核苷酸重复的4～5倍。不同棉种mtSSR种类的丰富度较高，但不同类型SSR数量上差异较大。8种棉花mtSSR主要分布在基因间隔区，其次为内含子区，少部分位于基因区和外显子区。在重复基序构成上，共发现46种基序是8种棉花所共有。棉花mtSSR的重复次数主要集中在3～21次，SSR基序长度为8～20 bp。同时，还检测到31种（61个）复合型SSR，均包含（A）m（TA）n或（T）m（G）n基序。本研究为进一步筛选特异性SSR位点提供基础，为棉花mtDNA重复序列的演化与变异及特异分子标记的开发等提供理论依据。

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