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貉源阿留申病毒全基因组测序及末端序列分子特征分析

文献类型： 中文期刊

作者： 赵永强;吴艳虹;章秀婷;韦韬;丛丽;邵西群

作者机构：

关键词： 貉源阿留申病毒;全基因组;末端发夹结构

期刊名称：病毒学报

ISSN： 1000-8721

年卷期： 2021 年 37 卷 2 期

页码：

收录情况： 北大核心（2020版） ; CSCD（2020-2021年度） ; 科技核心（2020版）

摘要： 貉源阿留申病毒(Raccoon dog and arctic fox amdoparvovirus,RFAV)是自然感染貉和蓝狐的新种阿留申病毒(Amdoparvovirus),为测序RFAV全基因组序列,预测分析RFAV末端发夹结构序列分子特征。本研究采用分段克隆成功获得3株长4 832nt、4 827nt、4 830nt的RFAV全基因组序列,分别命名为RFAV-Y9J、RFAV-RD15、RFAV-HS-R,利用在线软件预测RFAV末端序列二级结构,并与水貂阿留申病毒(AMDV)末端序列进行同源性比对。结果显示阿留申病毒种间、种内3’末端基因组序列保守性强,均存在116nt的Y型发夹结构;RFAV-Y9J与RFAV-RD15毒株5′末端分别存在310nt、305nt的U型发夹结构,RFAV和AMDV种内5′末端基因组序列保守性强,而种间5′末端基因组序列有较大变异。本研究首次完整测序了RFAV的3′和5′末端序列,为其他种阿留申病毒的末端序列扩增提供一种有效方法,为构建RFAV的全基因组序列感染性克隆奠定了基础。

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