数字农科院2.0

基于成像流式细胞术评估斧翅沙芥种质资源基因组大小及居群间差异

文献类型： 中文期刊

作者： 李晨;王海平;宋江萍;阳文龙;贾会霞;张凤兰;张静;陈宜男;李苗苗;张彤;张晓辉

作者机构：

关键词： 斧翅沙芥;成像流式细胞术;基因组大小;K-mer survey分析;濒危种质资源

期刊名称：中国蔬菜

ISSN： 1000-6346

年卷期： 2025 年

页码：

收录情况： 北大核心（2023版） ; ; 科技核心（2024版） ; ; 农林核心（2024版）

摘要： 斧翅沙芥（Pugionium dolabratum）是十字花科珍稀濒危种质资源，具有抗旱、抗盐碱等多种逆境抗性，兼具重要的生态价值和农业价值。成像流式细胞术能够区分细胞核和非细胞核杂质等干扰信号，具有更高的准确性。为探究斧翅沙芥基因组大小以及不同居群间基因组的变异程度，本研究利用多维全景成像流式细胞仪对5个斧翅沙芥居群进行流式细胞分析。结果显示，5个斧翅沙芥居群基因组大小为416～494 Mb，居群间变异幅度达18.8%，说明不同居群间出现明显的遗传差异；采用高通量测序对其中4个居群进行K-mer survey分析，预测基因组大小为442～484 Mb。两种方法的结果接近（杂合度<2%时，吻合度93%～97%），表明成像流式细胞术结果可靠；当基因组杂合度> 2%时，两种方法的误差达16%，表明在高杂合度的植物中，利用成像流式细胞术评估基因组大小十分必要。研究结果为斧翅沙芥基因组测序组装、种质资源保护提供了技术支撑与数据依据。

分类号：

  • 相关文献

[1]高温胁迫对沙芥与斧翅沙芥幼苗生长和叶绿素荧光动力参数的影响. 张韶华,张晓辉,杨忠仁,黄修梅,张凤兰,宁可真. 2024

[2]25份甘薯登记品种基因组大小测定. 苏一钧,王珧,戴习彬,赵路宽,张安,曹清河. 2019

[3]芝麻基因组解析与利用. 王林海. 2014

[4]双链RNA病毒的复制机制. 陈忠斌. 1995

[5]在后基因组时代;对茶树功能基因组研究的思考. 陈亮. 2007

[6]耐辐射戈壁异常球菌基因组和转录组分析. 袁梦龙,赵鹏,张维,林敏,陈明. 2013

[7]利用流式细胞术测定大额牛基因组大小的研究. 贤明,陈燕,梁永虎,宋禹昕,牛红,张文刚,夏江威,张天留,许尚忠,张路培,高会江,李俊雅,高雪. 2018

[8]耐辐射新种戈壁异常球菌基因组适应进化研究. 袁梦龙,陈明,滕超,林敏,张维. 2011

[9]红花檵木全基因组分析. 张霞,张大毛,张力,王香菲,熊兴耀,甘德欣,于晓英,李炎林. 2020

[10]西瓜基因组框架图谱绘制与20份代表性资源重测序研究. 郭绍贵,许勇,张建国,孙宏贺,Jerome Salse,William JLucas,张海英,Yi Zheng,毛林勇,任毅,王志文,闵久梦,郭晓森,Florent Murat,Byung-Kook Ham,张召亮,高山,黄明云,徐益民,钟思林,Aureliano Bombarely,Lukas AMueller,赵泓,何洪巨,张岩,张忠华,黄三文,谭涛,庞尔丽,林魁,胡群,匡汉辉,倪培相,王博,刘景安,孔秋生,侯文菊,邹小花,江姣,宫国义,Kathrin Klee,Heiko Schoof,黄莹,胡雪松,董珊珊,梁德全,王娟,吴奎,夏阳,赵翔,郑泽群,邢淼,梁新明,黄邦清,吕添,王军一,尹烨,伊鸿平,李瑞强,吴明珠,Amnon Levil,张兴平,James JGiovannoni,王俊,李云伏,费章君. 2019

作者其他论文 更多>>