数字农科院2.0

珙桐叶绿体基因组同义密码子使用偏好性分析

文献类型： 中文期刊

作者： 罗永坚;王茹;赵仁菲;卢新雄;尹广鹍;邓志军

作者机构：

关键词： 珙桐;同义密码子偏好性;最优密码子;叶绿体基因组;氨基酸

期刊名称：北京林业大学学报

ISSN： 1000-1522

年卷期： 2024 年 3 期

页码：

收录情况： 北大核心（2023版） ; ; CSCD（2023-2024年度） ; ; 科技核心（2024版） ; ; 农林核心（2020版）

摘要： [目的]珙桐是蓝果树科珙桐属唯一现存的第三纪孑遗植物,是我国一级保护的特有濒危树种.分析其叶绿体基因组同义密码子使用偏好性及其主要影响因素,旨在为珙桐分子水平上的深入研究、物种保护和种质创新提供参考.[方法]从NCBI在线数据库下载完整的珙桐叶绿体基因组序列,并进行蛋白编码序列筛选,再利用CodonW软件计算各基因的有效密码子数(ENC)、密码子适应指数(CAI)、同义密码子相对使用度(RSCU)和密码子中A、T、C、G这 4 种碱基的含量,最后利用R软件计算各参数间的相关性并绘图.[结果](1)从珙桐叶绿体基因组中共筛选出 59 条蛋白编码序列,总的鸟嘌呤和胞嘧啶碱基(GC)平均含量和密码子第 3 位碱基的GC平均含量分别为 38.05%和 30.63%,CAI平均值为 0.18,ENC平均值为 48.52,表明珙桐叶绿体基因组基因表达水平较低,且密码子使用偏好性较弱.(2)ENC-plot、PR2-plot、中性绘图和对应性分析表明,影响珙桐叶绿体基因组同义密码子使用偏好性的最主要因素为选择压力.(3)共筛选出 12个最优密码子.[结论]珙桐叶绿体基因组同义密码子使用偏好性较弱,除了主要受选择压力影响外,还受到突变压力、碱基组成和基因表达水平等因素的影响;同时筛选出 12 个最优密码子,可用于未来珙桐的遗传改良和种质创新研究之中.

分类号：

  • 相关文献

[1]水杉叶绿体基因组同义密码子使用偏好性. 王茹,罗永坚,刘相泉,卢新雄,尹广鹍,邓志军. 2022

[2]扁蓿豆叶绿体基因组密码子偏好性分析. 田春育,武自念,李贤松,李志勇. 2021

[3]黄芪属物种叶绿体基因组蛋白编码基因密码子偏好性分析. 李事超 赵诚贵 姜永成 武自念 田春育 马晖玲. 2024

[4]陆地棉叶绿体基因组密码子使用偏性的分析. 尚明照,刘方,华金平,王坤波. 2011

[5]茄腐镰孢(Fusarium solani)线粒体基因组密码子偏好性分析. 李秀璋,宋辉,李春杰. 2015

[6]棉花叶绿体70S核糖体S7蛋白基因的克隆和序列分析. 樊卫华,沈燕新,张中林,沈桂芳. 1997

[7]棉花叶绿体70 S核糖体S7蛋白基因的克隆和序列分析. 樊卫华,沈燕新,张中林,沈桂芳. 1997

[8]欧洲原始野生甘蓝的收集引进及其遗传多样性和群体遗传结构的分析. 许鲲,伍晓明,陆光远,陈碧云,高桂珍. 2009

[9]甘蔗叶绿体基因组研究进展(英文). 周会. 2013

[10]桑叶葡萄叶绿体基因组及其特征分析. 杨亚蒙,焦健,樊秀彩,张颖,姜建福,李民,刘崇怀. 2019

[11]基于高通量测序组装‘赤霞珠’叶绿体基因组及其特征分析. 谢海坤,焦健,樊秀彩,张颖,姜建福,孙海生,刘崇怀. 2017

[12]甘蔗叶绿体基因组研究进展. 周会. 2013

[13]棉花叶绿体基因组的研究进展. 俞嘉宁,姚艳玲,宋美珍,范术丽. 2010

[14]植物基因工程新途径:叶绿体转化. 苏宁,吴燕民,孙丙耀,沈桂芳. 2001

[15]茶树cpDNA测序及基于cpDNA序列的山茶属植物亲缘关系研究. 陈春梅,马春雷,马建强,刘声传,陈亮. 2014

[16]6种雪茄品系叶绿体基因组比较分析及系统发育关系研究. 施友志,申民翀,王剑,潘勇,杜甫,纪桂霞,赵泽玉,李子玮,王琰琰,贾志忠,袁晓龙,吴创. 2023

[17]甘蔗野生种割手密叶绿体基因组特征及种内系统进化关系. 余熙恺,余泽怀,张清,张兴坦. 2023

[18]赖草属叶绿体基因组密码子偏好性分析. 刘文丽,王智勇,田春育,杨艳婷,刘倩,冯玉梅,武自念,李志勇. 2024

[19]黄花型扁蓿豆叶绿体基因组及其系统发育分析. 温静,郭茂伟,朱琳,李志勇,李鸿雁,魏鹏,闫慧芳,赵诚贵. 2024

[20]3种牛肝菌营养成分差异性分析. 顾可飞,刘海燕,李亚莉,周昌艳. 2018

作者其他论文 更多>>