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BVDV-2d毒株的分离鉴定及同义密码子使用模式分析

文献类型： 中文期刊

作者： 杨宣叶;高明阳;胡欣妍;王进千;王慧慧;丁玉林;曹小安;马晓霞

作者机构：

关键词： 牛病毒性腹泻病毒;BVDV-2d;病理变化;同义密码子;遗传

期刊名称：江苏农业学报

ISSN： 1000-4440

年卷期： 2024 年 40 卷 11 期

页码：

收录情况： 北大核心（2023版） ; ; CSCD（2023-2024年度） ; ; 科技核心（2024版） ; ; 农林核心（2020版）

摘要： 本研究通过对腹泻犊牛肠道内容物中分离到的牛病毒性腹泻病毒(BVDV)毒株进行分析,首次确认该毒株为BVDV-2d亚型,命名为22-Gansu-F3。通过病毒分离、鉴定及全基因组测序,本研究不仅探讨了腹泻犊牛肠道的病理变化,还分析了其同义密码子使用模式的遗传特征。结果表明,在开放阅读框中,CpG二核苷酸的使用频率显著降低,并且在选择同义密码子的过程中,精氨酸对含CpG同义密码子的使用具有显著抑制作用。为了进一步明确不同功能性蛋白质编码序列的同义密码子使用模式的遗传学特征,本研究比较了不同编码序列的同义密码子使用差异,发现N^(pro)和NS4A的编码区在同义密码子使用上与其他蛋白质显著不同。此外,BVDV-2d型22-Gansu-F3毒株的不同蛋白质编码区在适应猪、羊和骆驼的同义密码子使用模式上表现出良好的适应性,为这些动物体内病毒蛋白的翻译提供了潜在的物质基础。本研究结果为中国BVDV-2型的进化动态提供了新的理论依据,并为预防该亚型成为中国主要流行亚型提供了早期预警。

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