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利用加权基因共表达网络分析筛选天农麻鸡胴体性状候选基因

文献类型： 中文期刊

作者： 赵迪;康慧敏;谭晓冬;刘冉冉;张正芬;李华;赵桂苹

作者机构：

关键词： 天农麻鸡;胴体性状;转录组测序;WGCNA

期刊名称：畜牧兽医学报

ISSN： 0366-6964

年卷期： 2022 年

页码：

收录情况： 北大核心（2020版） ; CSCD（2021-2022年度） ; 科技核心（2021版） ; 农林核心（2020版）

摘要： 旨在通过转录组测序（RNA-Seq）与加权基因共表达网络分析（weighted gene co-expression network analysis， WGCNA）筛选慢速型黄羽肉鸡天农麻鸡胴体性状相关候选基因。本研究以104只天农麻鸡为素材，在126日龄时进行屠宰，测定胸肌重等7个胴体性状，采集胸肌组织进行RNA-Seq。基于RNA-Seq数据获得基因表达矩阵后，结合表型进行WGCNA分析，确定目标模块，筛选目标模块的枢纽基因，并分别进行KEGG通路富集、蛋白质互作网络（protein-protein interaction network，PPI）构建和相关性分析。104份胸肌组织RNA-Seq质控后获得15 092个基因的表达量。与胴体表型进行WGCNA分析，共得到19个模块，其中4个模块与胴体性状极显著相关。功能富集结果表明，目标模块内基因主要富集在ECM-受体相互作用、粘着力等通路。以|Module membership| > 0.8、|Gene significance| > 0.2为标准筛选到58个枢纽基因，并通过PPI网络构建鉴定到5个网络节点基因，整合相关性分析，确定COL1A2和SPARC为最重要候选基因。本研究通过大样本量转录组分析，发现ECM-受体相互作用等通路在天农麻鸡胴体性状调控中发挥主要作用，筛选到COL1A2和SPARC是影响全净膛率性状的重要候选基因，研究结果为鉴定选育分子标记，解析胴体性状分子机制奠定理论基础，为慢速型黄羽肉鸡育种提供重要参考。

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