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基于表型和基因组信息评价北京油鸡保种群保种情况

文献类型： 中文期刊

作者： 王海龙;王巧;邢思远;王杰;李庆贺;郑麦青;崔焕先;刘冉冉;赵桂苹;文杰

作者机构：

关键词： 北京油鸡; 资源保护; 近交系数; 全基因组重测序技术; 连续性纯合片段

期刊名称：畜牧兽医学报

ISSN： 0366-6964

年卷期： 2021 年 52.0 卷 9.0 期

页码：

收录情况： 北大核心（2020版） ; CSCD（2020-2021年度） ; 农林核心（2020版） ; 科技核心（2020版）

摘要： 旨在利用表型和基因组信息对北京油鸡随机交配保种群体近交系数、有效群体大小进行研究,评价北京油鸡保种群体保种情况。本研究以国家级北京油鸡保种场北京油鸡2019年随机交配保种群体40只鸡为研究对象,对表型记录进行整理,同时利用基因组SNP信息,使用PLINK软件分别计算基于ROH的近交系数(FROH)、基于纯合基因型的近交系数(FHOM)、基于联合配子之间相关性的近交系数(FUNI)；使用GCTA和R软件计算基于基因组关系G矩阵的近交系数(FGRM)；使用SNeP软件估计北京油鸡历史世代的有效群体大小；使用NeEstimator软件估计基于连锁不平衡方法的当前世代的有效群体大小；使用R软件的PerformanceAnalytics包对FROH、FHOM、FGRM和FUNI等不同算法所得近交系数进行相关性分析,评价北京油鸡的保种情况。结果显示,1979—2019年以来,北京油鸡保种群体凤冠、胫羽、五趾等典型的外貌特征明显且百分比稳定；保种群有效群体大小从98世代前的595逐渐降至13世代前的176；2019年北京油鸡随机交配保种群体FROH为0.0798,与FGRM显著相关(P

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