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口蹄疫病毒基因组内部核糖体进入位点一级和二级结构分析

文献类型： 中文期刊

作者： 张显升;赵启祖;刘在新;江鹏斐;常惠芸;陈应理;李冬;魏怀录;谢庆阁

作者机构：

关键词： 口蹄疫病毒China/99株;参考毒株;内部核糖体进入位点(IRES);一、二级结构

期刊名称：病毒学报

ISSN： 1000-8721

年卷期： 2002 年 18 卷 02 期

页码： 142-148

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 以口蹄疫病毒 (foot-and -mouthdiseasevirus,FMDV)强毒China/ 99株牛舌水泡皮为材料 ,用RT -PCR法提取RNA及扩增目的cDNA ,然后与 pGEM -TEasy载体连接并转化JM10 9菌株 ,再经重组质粒电泳、PCR和 EcoRI酶切鉴定。用DNAstar软件比较了内部核糖体进入位点 (IRES)的序列差异 ,并用RNAdraw软件绘制和分析了该区段的二级结构。 8株FMDVIRES核苷酸序列比较表明该区段较为保守 ,并对非保守区域进行了分析。二级结构分析表明 ,FMDVIRES至少有 3种二级结构图形 :第一型有 5个结构域 ,与Pilipenko等报道的一致 ;第二和三型分别有 6和 11个结构域 ,与Pilipenko等报道的结果不同。无论FMDVIRES二级结构如何不同 ,但单链区大部分核苷酸序列或基序相同 ,如AACUCC、GAAA、CUUU、AGG、AACC、GUAA等。茎环柄部核苷酸对维持二级结构的空间构像具有十分重要的作用 ,环中或单链区序列 (基序 )在维持其功能方面具有很重要的作用 ,如GAAA和CUUU基序分别是三级结构的组件和嘧啶区结合蛋白的结合位点

分类号： S852.65

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