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茶树GH3基因家族的鉴定及表达分析

文献类型： 中文期刊

作者： 钱因红;张亚真;白培贤;王丽鸳;成浩;韦康

作者机构：

关键词： 茶树;GH3基因家族;生长素;生物信息学

期刊名称：茶叶通讯

ISSN： 1009-525X

年卷期： 2020 年 47 卷 3 期

页码：

摘要： Gretchen hagen 3(GH3)属于植物生长素早期响应基因,通过调控生长素的稳态对植物的生长发育起着重要作用.然而,关于茶树GH3基因家族的研究尚缺乏系统报道.本文通过生物信息学的方法,在茶树全基因组数据中鉴定获得20个茶树GH3家族基因(CsGH3),并对其蛋白的理化性质、基因结构、保守基序等进行分析.理化性质分析结果表明,CsGH3基因家族编码的氨基酸分子量为27.5~87.1 kD,理论等电点为4.80~8.49,蛋白质不稳定性指数为32.40~49.58;基因结构分析结果表明,除CsGH3.16没有内含子外,其他CsGH3s都具有2~6个内含子;保守结构域分析结果显示,CsGH3家族主要含有10个Motif,编码的蛋白序列均含有Motif 1、Motif 2、Motif 4和Motif 6保守基序;系统进化树分析结果显示,茶树GH3基因家族可以分为两个亚家族,每个亚族所含基因数分别为11个和9个;启动子元件分析结果显示,GH3基因的启动子元件类型主要有激素响应元件、光响应元件、胁迫响应元件以及生长发育相关元件四大类;对茶树GH3基因在8个组织中的表达分析结果显示,20个基因在不同组织中的表达量呈现较大差异,表明这些基因可能在茶树不同的发育阶段起到重要作用.本文为进一步解析单个CsGH3基因的生物学功能提供参考.

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