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基于mtDNA和Y染色体基因片段的塔河马鹿种公鹿遗传多样性分析

文献类型： 中文期刊

作者： 杨苏坤;董依萌;王洪亮;赵喜堂;陈旭;邢秀梅

作者机构：

关键词： mtDNA;Y染色体;塔河马鹿种公鹿;遗传多样性

期刊名称：畜牧兽医学报

ISSN： 0366-6964

年卷期： 2023 年

页码：

收录情况： 北大核心（2020版） ; ; CSCD（2023-2024年度） ; ; 科技核心（2023版） ; ; 农林核心（2020版）

摘要： 旨在从分子层面探究塔河马鹿种公鹿的遗传多样性和塔河马鹿的祖先类型。本研究在锯茸期采集新鲜血液并提取DNA，通过PCR扩增和直接测序的方法对38头塔河马鹿种公鹿Y染色体的AMELY2、DBY、SRY基因和mtDNA的ND1、COX1、ATP6、ND5、Cytb基因进行分析，计算碱基组成、核苷酸多样性（Pi）、平均核苷酸差异数（K）、Tajima’D值、单倍型数量（H）以及单倍型多样性（Hd）来评估塔河马鹿种公鹿的遗传多样性；构建单倍型网络图并计算各单倍型之间的遗传距离，以白唇鹿为外群构建系统进化树，分析塔河马鹿种公鹿父母系的类型。结果显示，Y染色体的AMELY2、DBY、SRY基因比对后拼接长度为3 577 bp，共检测出17个SNPs多态位点，定义4个单倍型，优势单倍型为Hap-1，所占频率为65.79%。核苷酸多样性为0.001 95，单倍型多样性为0.495 0，遗传多样性水平较低，基于Y染色体基因构建的系统进化树显示存在A、B两大分支。mtDNA的ND1、COX1、ATP6、ND5、Cytb基因比对后拼接长度为6 160 bp，共检测出41个SNPs多态位点，定义8个单倍型，优势单倍型为Hap-1，所占频率为47.37%。核苷酸多样性为0.001 54，单倍型多样性为0.699 9，表现出高单倍型多样性低核苷酸多样性的不平衡状态，遗传多样性处于较低水平，基于mtDNA构建的系统进化树显示存在Ⅰ、Ⅱ两大分支。塔河马鹿种公鹿的遗传多样性处于较低的水平，塔河马鹿群体存在两个祖先类型。

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