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苎麻expansin家族成员鉴定与表达分析

文献类型： 中文期刊

作者： 石亚亮;钟意成;黄坤勇;牛娟;孙志民;陈建华;栾明宝

作者机构：

关键词： 苎麻;expansin家族;生物信息学分析;表达分析

期刊名称：中国麻业科学

ISSN： 1671-3532

年卷期： 2023 年 45 卷 4 期

页码：

收录情况： 科技核心（2023版） ; ; 农林核心（2020版）

摘要： 苎麻是一种重要的纤维作物,纤维被用作纺织工业的原料。扩展蛋白具有诱导依赖pH的细胞壁伸长和压力松弛的特性。为了对苎麻基因组中expansin家族成员数量和类型进行鉴定,并研究在纤维细度不同的苎麻茎皮中扩展蛋白基因的表达情况,研究首先在苎麻中苎1号基因组数据库挖掘到24个扩展蛋白基因家族成员,通过生物信息学方法对其分子量、等电点、信号肽、亚细胞定位、motif及基因结构进行分析和预测。系统进化树结果显示:扩展蛋白包括α亚族成员17个、β亚族4个、α类亚族1个和β类亚族2个,共分为3类；expansin家族同一进化支蛋白结构域比较保守且有一个特有的motif。然后,利用苎麻茎皮扩展蛋白基因家族成员转录组表达分析和qRT-PCR验证,发现两个基因在两个纤维细度差异显著的品种及其5个不同生长期表达量差异显著。该结果有助于了解苎麻expansin家族的进化,为影响苎麻纤维发育和纤维细度相关基因及其功能的研究奠定基础。

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