数字农科院2.0

不同筛选方法的低密度SNP集合填充准确性比较

文献类型： 中文期刊

作者： 林雨浓;王泽昭;陈燕;朱波;高雪;张路培;高会江;徐凌洋;蔡文涛;李英豪;李俊雅;高树新

作者机构：

关键词： 填充准确性;低密度SNP芯片;华西牛;连锁不平衡;最小等位基因频率

期刊名称：中国农业科学

ISSN： 0578-1752

年卷期： 2023 年 8 期

页码：

收录情况： 北大核心（2020版） ; ; CSCD（2023-2024年度） ; ; 科技核心（2023版） ; ; 农林核心（2020版）

摘要： [目的]尝试通过在华西牛参考群高密度标记芯片位点中,使用两种标记筛选方法挑选具有代表性的且密度梯度不同的SNP位点集合,后利用基因组填充策略在相同填充参数下将低密度芯片数据填充至高密度继而进行后续基因组研究,从而达到降低华西牛基因型分型成本的目的.研究分别比较了不同标记集合填充准确性和填充一致性的差异,阐述了标记筛选方法、标记密度、最小等位基因频率和参考群体数量等4个因素对填充结果的影响,为华西牛低密度SNP填充芯片设计提供参考.[方法]将质控后剩余的1233头华西牛群体随机分为参考群(986头)和验证群(247头).使用等间距法(equidistance,EQ)和高MAF法(high MAF,HM)两种标记筛选方法分别从华西牛参考群体的Illumina Bovine HD芯片位点集合中筛选出16种不同密度的SNP集合,共生成32种不同SNP梯度密度集合.随后在验证群体中利用Beagle(v5.1)软件将各低密度集合填充至770 k密度水平,计算填充准确性和填充一致性并对填充性能影响因素进行分析.[结果]32种低密度SNP集合的标记数量在100—16000之间,窗口最大为24176 kb,最小151 kb.随着标记密度升高,EQ和HM两种筛选方法填充一致性和准确性不断提升,但填充准确性和填充一致性增加的幅度越来越小.当标记集合密度超过12 k后均趋于平稳.SNP密度在16 k时两种方法的填充准确性达到最高(r2 EQ=0.8801,r2 MAF=0.8696).当标记密度低于11 k时,不同标记密度梯度下HM方法填充一致性均高于EQ方法.然而当SNP集合密度超过11 k时,EQ筛选方法较表现出填充优势.与填充一致性结果趋势相似,在SNP集合密度低于10 k时,HM方法仍然具有较高的填充准确性,但当SNP集合密度高于10 k时,EQ方法的填充准确性则较高,且在SNP密度集合大于12 k后,EQ填充准确性趋于稳定.同时研究发现与低MAF标记位点相比,高MAF位点的填充准确性更高.填充过程中发现,填充一致性和填充准确性随着参考群体增大而提高.当参考群体数量在600—800时,位点填充准确性和一致性较高.[结论]在华西牛群体中,填充一致性和填充准确性随标记密度递增而上升,在标记密度为10 k—12 k区间,可获得较好的填充效果.当标记密度小于10 k时优先选择HM方法,更高密度时EQ方法较好.高MAF标记位点填充准确性更高.采用填充策略进行低密度标记填充时,参考群体数量在400头以上时填充效果较为理想.

分类号：

  • 相关文献

[1]利用SNP标记估计西门塔尔牛亲缘关系系数的准确性. 张静静,高会江,吴洋,朱波,齐欣,高雪,张路培,陈燕. 2016

[2]华西牛新品种培育及对我国肉牛育种的启示. 张天留,王泽昭,朱波,陈燕,张路培,徐凌洋,高会江,高雪,李俊雅. 2023

[3]育肥期华西牛蛋白质与能量需要量研究. 张莹,吴兆海,卜登攀. 2022

[4]华西牛胴体及原始分割肉块重量性状遗传参数估计与全基因组关联分析. 李柯安宁,杜丽丽,安炳星,邓天宇,梁忙,曹晟,杜悦莹,徐凌洋,高雪,张路培,李俊雅,高会江. 2023

[5]华西牛胴体性状GWAS分析. 高翰,葛菲,王泽昭,李宏伟,安炳星,李海鹏,徐凌洋,朱波,蔡文涛,张路培,高雪,高会江,陈燕,李俊雅. 2022

[6]华西牛与雪龙黑牛背最长肌重量的全基因组关联分析. 杜悦莹,安炳星,邓天宇,杜丽丽,梁忙,李柯安宁,曹晟,高会江,闵令江. 2024

[7]牛活检胚胎细胞微量扩增体系效果评估. 牛一凡,李崇阳,张培培,张航,冯肖艺,余洲,曹建华,杜卫华,万鹏程,马友记,赵学明. 2024

[8]肉牛培育品种遗传资源价值评估研究——以华西牛为例. 马卓,李宏伟,浦华. 2025

[9]华西牛群体生长发育性状遗传参数估计及其遗传进展. 曹晓瑶,汪聪勇,王亭,熊兰玲,于河洋,王泽昭,高会江,李俊雅,朱波. 2025

[10]不同芯片密度对华西牛重要经济性状基因组评估准确性的影响. 王元清,王泽昭,朱波,陈燕,徐凌洋,张路培,高会江,李超,李俊雅,高雪. 2024

[11]猪EPOR基因结构、遗传变异及连锁不平衡分析. 张龙超,王立贤,赵克斌,颜华. 2009

[12]豌豆种质表型性状SSR标记关联分析. 顾竟,李玲,宗绪晓,王海飞,关建平,杨涛. 2011

[13]绵羊微卫星471U和FecB基因多态性及连锁分析. 吴舒洁,张宝云,储明星,王凭青,方丽. 2014

[14]植物关联分析的研究进展及其在茶树分子标记辅助育种上的应用前景. 乔婷婷,姚明哲,周炎花,马春雷,王新超,陈亮,杨亚军. 2009

[15]EST-SSR标记与茶树表型性状关联的初步分析. 姚明哲,乔婷婷,马春雷,金基强,陈亮. 2010

[16]绵羊全基因组连锁不平衡分析. 王光凯,朱才业,樊红樱,张莉,魏彩虹,赵福平,杜立新. 2014

[17]Amy6-4基因遗传多样性及其与α-淀粉酶活性的关联分析. 姜晓东,郭刚刚,张京. 2014

[18]小豆遗传差异、群体结构和连锁不平衡水平的SSR 分析. 白鹏,程须珍,王丽侠,王素华,陈红霖. 2014

[19]绵羊微卫星471U和FecB基因多态与连锁分析. 狄冉,张宝云,储明星,王凭青,方丽. 2009

[20]推测187份玉米自交系基因组血统与分子亲缘关系(英文). 谢传晓,张世煌,李明顺,李新海,郝转芳,白丽,张德贵,梁业红. 2007

作者其他论文 更多>>