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26种真菌UGPase基因的密码子使用偏好性与进化分析

文献类型： 中文期刊

作者： 段昕莲;严俊杰;甘颖;袁滨;林俊彬;韩星;甘炳成

作者机构：

关键词： UDP-葡萄糖焦磷酸化酶;担子菌;子囊菌;密码子偏好性;物种进化

期刊名称：菌物研究

ISSN： 1672-3538

年卷期： 2024 年

页码：

收录情况： CSCD（2023-2024年度） ; ; 科技核心（2024版）

摘要： 为明确真菌UDP-葡萄糖焦磷酸化酶基因(UGPase)的密码子使用特性与进化关系，选取14个担子菌和12个子囊菌的UGPase基因，使用Codon W、SPSS和MEGA等软件对26个真菌UGPase基因的密码子使用偏好性和密码子RSCU、CDS的聚类情况进行分析。结果表明，26种真菌UGPase密码子的GC含量为36.9%～59.2%，GC3s含量为31.6%～87.7%。其中，担子菌中有12个UGPase密码子偏好以G/C结尾；子囊菌中除酵母菌外的第三位密码子组成具有G/C偏好性。相关性分析结果显示，GC3s与ENc呈极显著负相关，与GC呈极显著正相关；ENc与L＿aa呈显著正相关，与密码子适应指数(CAI)呈极显著负相关。ENc绘图分析结果表明，真菌UGPase密码子偏性同时受突变压力和选择压力的影响，其中子囊菌受选择压力的影响大于担子菌。奇偶偏好分析结果表明，该基因密码子第三位碱基的嘧啶含量高于嘌呤含量。聚类分析结果显示，密码子使用偏性与序列和物种的进化水平不一致。多数真菌的UGPase密码子偏好使用G/C结尾，且同时受到自然选择、突变等方面因素的影响，其密码子使用偏性与物种间的进化关系存在差异，不适合用于判定作为物种间的进化关系。

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