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茶树EST-SNP分布特征及标记开发

文献类型： 中文期刊

作者： 王丽鸳;张成才;成浩;韦康

作者机构：

关键词： 茶树;表达序列标签;单核苷酸序列多态性

期刊名称：茶叶科学

ISSN： 1000-369X

年卷期： 2012 年 32 卷 04 期

页码： 369-376

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 对NCBI网上公开的12757条茶树ESTs序列进行聚类,成功构建了茶树的独立基因(Unigene)数据库,发现茶树的EST序列冗余率约为68.2%。初步建立了茶树EST-SNP标记开发体系,明确了茶树EST中SNP的分布规律,茶树编码区的SNP发生频率约为0.58%,平均200bp就有1个SNP位点,并进一步推算出茶树基因组DNA序列的杂合率约为0.38%,平均300个碱基就可能出现1个杂合位点。从237个多基因聚类簇中发现了818个SNP候选位点,设计了25对SNP引物进行DNA重测序验证,发现EST-SNP候选位点的多态检出率为75%。

分类号： S571.1

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