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亚麻GRAS基因家族的全基因组分析及其对外源赤霉素的响应研究

文献类型： 中文期刊

作者： 李静;华鑫涛;杨芸;鲁若妍;刘畅;孙健;戴志刚;谢冬微

作者机构：

关键词： 亚麻;GRAS基因家族;全基因组;生物信息学分析;表达分析

期刊名称：中国麻业科学

ISSN： 1671-3532

年卷期： 2025 年 1 期

页码：

收录情况： 科技核心（2024版） ; ; 农林核心（2024版）

摘要： 亚麻(Linum usitatissimum L.)是重要的纤用作物,GRAS基因家族在植物生长发育中具有重要作用.研究利用生物信息学从亚麻全基因组数据库鉴定LuGRAS蛋白序列,经SMART和Pfam-search去除冗余序列后,通过ExPASy-ProParam、TBtools以及MEGA7.0 等进行理化性质、染色体定位和系统进化等分析,结合转录组测序(RNA-seq)分析亚麻GRAS 家族成员在不同组织、不同时期的表达模式,并用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术检测部分具有显著差异的LuGRAS基因在赤霉素处理后的表达情况,通过共表达网络对LuGRAS基因之间的关系进行分析.结果表明:从亚麻全基因组中鉴定出114 个LuGRAS转录因子,根据亲缘关系远近分为 10 个亚族;亚麻GRAS 蛋白氨基酸数介于 135～1 377 个,分子量介于 15.3～152.9 kDa,平均等电点 5.96,除LuGRAS114外,其他LuGRAS基因分布在15 条染色体上;基于亚麻RNA-seq数据,可以将LuGRAS基因分为7 组;通过 qRT-PCR 验证 8 个表达量具有显著差异的LuGRAS基因,结果显示,有 4 个LuGRAS基因经赤霉素处理后不同时间段的表达量变化明显.LuGRAS50与LuGRAS94的表达模式表现出极高的正相关关系,LuGRAS38和LuGRAS50与LuGRAS94之间可能存在负调控关系.以上结果将为进一步研究LuGRAS基因的生物学功能及其在亚麻生长发育中的表达模式提供理论参考.

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