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基于WGCNA的棉花子叶抗冷相关共表达模块鉴定

文献类型： 中文期刊

作者： 周雨青;杨永飞;葛常伟;沈倩;张思平;刘绍东;马慧娟;陈静;刘瑞华;李士丛;赵新华;李存东;庞朝友

作者机构：

关键词： 权重基因共表达网络分析;棉花;冷害胁迫;转录组

期刊名称：中国农业科技导报

ISSN： 1008-0864

年卷期： 2022 年 4 期

页码：

收录情况： 北大核心（2020版） ; CSCD（2021-2022年度） ; 科技核心（2021版） ; 农林核心（2020版）

摘要： 权重基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)是系统生物学的一种研究方法,在多样本转录组数据中挖掘与目标性状相关的基因模块应用较广泛.为深入探究棉花应对冷害胁迫的分子机制,以4℃低温处理不同时间点的2个棉花品种(新陆中16和新陆中32)幼苗子叶转录组数据为基础,过滤低表达量基因,最终利用筛选的22 083个表达的基因来构建共表达矩阵,得到9个共表达模块,其中2个为抗冷相关特异性模块(Blue模块与低温处理0、1和3 h时间点正相关,Brown模块与低温处理9和12 h时间点正相关).GO和KEGG富集分析表明,特异性模块可以富集到对刺激反应的调节(GO:0048583)、对胁迫反应的调节(GO:0080134)、对油菜素类固醇的反应(GO:0009741)等抗逆相关通路.通过计算模块内基因的连通性挖掘网络中的核心基因,功能注释表明这些基因可能在棉花抗冷过程中发挥着重要作用.该结果为进一步研究棉花抗冷调控机理提供数据支持.

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