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基于转录组测序技术分析猪德尔塔冠状病毒诱导IPEC-J2细胞中自噬相关的变化

文献类型： 中文期刊

作者： 江珊;李秀丽;李富强;李程;陈建飞;张莉;任卫科;朱琪;冯力;鄢明华

作者机构：

关键词： 猪德尔塔冠状病毒;IPEC-J2细胞;转录组测序;细胞自噬;病毒复制

期刊名称：中国兽医科学

ISSN： 1673-4696

年卷期： 2023 年

页码：

收录情况： 北大核心（2020版） ; ; CSCD（2021-2022年度） ; ; 科技核心（2021版） ; ; 农林核心（2020版）

摘要： 为了探究猪德尔塔冠状病毒（PDCoV）感染宿主细胞后诱导细胞中发生的自噬相关变化，建立了PDCoV感染IPEC-J2细胞模型，通过间接免疫荧光和荧光定量PCR试验确定PDCoV在细胞中显著增殖。利用转录组测序获得了IPEC-J2细胞感染模型和正常细胞中的全部表达基因15393个。通过基因覆盖度和测序饱和度分析明确数据符合分析要求后，进一步筛选了PDCoV感染导致表达量发生显著变化的基因（差异基因）2056个，其中自噬相关基因33个。采用荧光定量PCR方法检测12个自噬基因在细胞感染模型和正常细胞中的相对表达量，检测结果与高通量测序结果一致。通过GO功能和KEGG通路富集分析，明确差异基因主要富集的功能和信号通路，并重点展示了6条自噬相关信号通路。本研究初步展示了PDCoV在IPEC-J2细胞增殖过程中诱导细胞发生的自噬相关变化，为研究PDCoV通过诱导细胞自噬促进自身复制的分子机制提供了理论依据。

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