基于转录组测序技术分析猪德尔塔冠状病毒诱导IPEC-J2细胞中自噬相关的变化
文献类型: 中文期刊
作者: 江珊;李秀丽;李富强;李程;陈建飞;张莉;任卫科;朱琪;冯力;鄢明华
作者机构:
关键词: 猪德尔塔冠状病毒;IPEC-J2细胞;转录组测序;细胞自噬;病毒复制
期刊名称:中国兽医科学
ISSN: 1673-4696
年卷期: 2023 年
页码:
收录情况: 北大核心(2020版) ; ; CSCD(2021-2022年度) ; ; 科技核心(2021版) ; ; 农林核心(2020版)
摘要: 为了探究猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)感染宿主细胞后诱导细胞中发生的自噬相关变化,建立了PDCoV感染IPEC-J2细胞模型,通过间接免疫荧光和荧光定量PCR试验确定PDCoV在细胞中显著增殖。利用转录组测序获得了IPEC-J2细胞感染模型和正常细胞中的全部表达基因15393个。通过基因覆盖度和测序饱和度分析明确数据符合分析要求后,进一步筛选了PDCoV感染导致表达量发生显著变化的基因(差异基因)2056个,其中自噬相关基因33个。采用荧光定量PCR方法检测12个自噬基因在细胞感染模型和正常细胞中的相对表达量,检测结果与高通量测序结果一致。通过GO功能和KEGG通路富集分析,明确差异基因主要富集的功能和信号通路,并重点展示了6条自噬相关信号通路。本研究初步展示了PDCoV在IPEC-J2细胞增殖过程中诱导细胞发生的自噬相关变化,为研究PDCoV通过诱导细胞自噬促进自身复制的分子机制提供了理论依据。
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